同濟大學秉持“本科教育爲立校之本，研究生教育爲強校之路”辦學方針，早在20世紀50年代初即在部分專業招收培養研究生。
1978年學校恢復招收碩士研究生，1981年起招收博士研究生，同年被國務院學位委員會批准爲首批有權授予博士、碩士學位的單位。1986年經國務院批准試辦研究生院，1996年經評估正式成立研究生院，成爲我國培養高層次專門人才的重要基地之一。
學校始終注重“人才培養、科學研究、社會服務、國際交往”四大功能均衡發展，綜合實力位居國內高校前列。現有博士學位授權的一級學科31個，專業博士學位授權點3個，有碩士學位授權的一級學科55個，專業碩士學位授權點17個，工程碩士授權領域26個，學科設置涵蓋工學、理學、醫學、管理學、經濟學、哲學、文學、法學、教育學、藝術學等10個門類。在對德爲主的國際合作基礎上，發展、建立起有特色、全方位、主動型、高層次的國際交流與合作體系框架，形成了具有同濟特色的國際化模式，已基本構建起了“綜合性、研究型、國際化知名高水平大學”的整體框架。其中：土木工程、建築學和交通運輸工程爲國家重點一級學科;海洋地質、工程力學、材料學、機械設計及理論、控制理論與控制工程、大地測量學與測量工程、環境工程等7個學科爲國家重點二級學科;基礎數學、凝聚態物理、車輛工程等3個學科爲國家重點(培育)學科。上海市重點學科有19個。在教育部學位與研究生教育發展中心發佈的2012年學科評估中，土木工程一級學科繼續保持全國高校排名第1;城鄉規劃學、風景園林學排名第2;海洋科學、建築學、交通運輸工程、環境科學與工程排名第3;獲得全國前5名的學科共有9個，獲得全國前10名的學科共有13個;共有23個學科進入全國排名前30%。
我校還設有25個博士後流動站，36個重點研究基地，其中國家級重點實驗室4個，省部級重點實驗室11個，國家級研究中心2個，省部級研究中心9個，校級重點實驗室1個。
按照教育部調整和完善我國學位與研究生教育模式的工作部署，我校於2009年又啓動了全日制專業學位教育項目，旨在優化研究生培養結構，建立以創新能力爲核心的工程類人才培養模式，使之符合現代教育規律、滿足我國工程界對人才的需求。學校既培養學術型、研究型研究生，又培養應用型、複合型專業學位研究生;既有在校全日制攻讀學位模式，又有在職人員攻讀專業學位或以同等學力申請博士、碩士學位等等。此外還充分發揮我校學科優勢和特色，由此形成了多渠道、多規格、多層次的辦學模式，取得了良好的`社會效益。
同濟大學研究生院是校長領導下具有相對獨立職能的研究生教學和行政管理機構，下設研究生招生處、培養處、管理處、綜合處、在職教育管理處、學位辦公室、研究生教育創新基金管理辦公室、嘉定校區研究生工作辦公室等。同時，學校黨委還專門設立了研究生工作部。學校學位評定委員會日常管理機構設在研究生院。按學科大類和學科特色，校學位評定委員會分設17個學位評定分委員會，以一級學科爲單位設有48個學科專業委員會，按職業學位類型設有10個專業學位教育指導委員會，以工程碩士領域設有18個工程碩士領域教育指導委員會。各研究生培養院系設有研究生管理部門，配有學位祕書、教務員、班主任、研究生教學祕書等行政管理人員。
學校擁有專任教師2786人，其中專業技術職務正高級855人，中國科學院院士7人，中國工程院院士7人，第三世界科學院院士2人，美國工程院外籍院士1人，瑞典皇家工程科學院外籍院士1人。中組部“千人計劃”學者28人，教育部“長江計劃”特聘(講座)教授28人，“973項目”首席科學家(含國家重大基礎研究計劃)22人，國家傑出青年科學基金獲得者31人，國家級教學名師5人。國家自然科學基金創新羣體3個，教育部創新團隊7個，國家級教學團隊6個。
學校現有全日制雙證博士研究生4708人，單證博士學位研究生144人，全日制雙證碩士研究生11054人，單獨備案收費制碩士研究生16038人。自開展研究生教育以來，同濟大學始終把全面提高培養質量作爲研究生教育改革的指導思想，研究生院在嚴格質量管理方面採取了一系列切實有效的措施，取得了較好效果，曾多次被評爲全國和上海市學位與研究生教育管理工作先進集體，以研究生教育質量保證體系爲依託的研究成果獲得2013年高等教育上海市級教學成果特等獎，2014年高教類國家級教學成果二等獎。在連續幾年全國百篇優秀博士學位論文評選中，有9篇博士論文入選。學校爲國家培養了一大批高素質的高級專門人才，至今已授予博士學位6877人，碩士學位53665人，其中有相當一部分已成爲我國社會主義現代化建設的重要骨幹力量和傑出人才。同濟大學將繼續堅持以服務社會爲使命和責任，爲我國經濟建設和社會發展輸送高質量、高層次人才做出更大的貢獻。
同濟大學研究生院機構設置綜合處
負責協調、溝通與服務工作，包括日常管理、經費、設備、人事、宣傳，文件收發、文書檔案管理和會議準備及文稿撰寫等，信息管理系統建設與維護，嘉定校區研究生管理的聯繫協調等工作。
辦公地點：瑞安樓406室
電話：65981171 65988292(傳真)
同濟大學學位評定委員會辦公室
校學位評定委員會辦事機構，主要工作爲：1.審查審覈學位申請與授予;2.組織學位論文的質量檢查;3.優秀學位論文的評選及獎勵;4.辦理在職人員以同等學力申請碩士博士學位的有關事宜;5.研究生指導教師崗位資格認定及管理;6.學位授權點和重點學科的立項申報和評估。
辦公地點：瑞安樓312室
電話：65982682，65980341
研究生招生處
負責研究生招生工作，包括招生管理規定的制定和優化、招生計劃的申報和實施、招生宣傳與諮詢、招生考務工作的組織與協調、研究生的錄取與調劑、招生改革工作等。
辦公地點：瑞安樓512室
電話：65982944，65982683
研究生教育創新基金管理辦公室
研究生學業獎學金審覈、發放，研究生培養機制改革的相關工作，研究生創新基金申請及管理，研究生三助(助研，助教，助管)崗位及經費管理等工作。
辦公地點：瑞安樓510室
電話：65982783
管理處
負責研究生事務管理工作，包括新生入學管理、研究生日常管理工作、學籍異動管理，畢業生管理，學籍等學生管理工作。
辦公地點：瑞安樓306室
電話：65981602
培養處
負責研究生培養工作，包括培養方案制訂與審覈，學生培養計劃管理與審覈，課程建設、學生選課、排課工作，考試管理，培養過程的質量監控、教務管理;論文開題報告、中期考覈、答辯管理;國際交流管理、教學評估、優質課程、導師經費、院系教學評估等工作。
辦公地點：瑞安樓502--508室
電話：65984154(諮詢)，65983537(教研)，65983717(教務)，65981601(出國交流)，65983244(實踐)，65983855
在職教育管理處
負責非全日制工程碩士(ME)、風景園林碩士(MLA)、工商管理碩士(MBA)、公共管理碩士(MPA)、藝術碩士(MFA)、翻譯碩士(MTI)、法律碩士(J.M)、高級管理人員工商管理碩士(EMBA)、金融碩士(MF)、應用統計碩士(M.A.S.)、會計碩士(MPACC)、工程管理碩士(MEM)以及全日制MBA、MPA、工程管理碩士、軟件工程碩士、法律碩士(非法學)等專業學位碩士研究生的招生、培養與管理工作。
辦公地點：瑞安樓308室
電話：65983834，65985226
嘉定校區研究生工作辦公室
負責嘉定校區研究生日常管理工作。
辦公地點：嘉定校區同心樓235室
電話：69589212
