1977年恢復大學聯考，1978年重新招收研究生，30多年勤奮，學位與研究生教育突飛猛進。1981年第一批學位授權點審覈，西南師範大學、西南農業大學經國務院批准成爲首批碩士授權單位，分別獲得植物學、農業昆蟲與害蟲防治、分子化學與分子生物學碩士點。1984年第二次學位點審覈，獲課程與教學論博士學位點，成爲博士授權單位，繼之，1986年，農業昆蟲與害蟲防治晉級爲博士學位點。2000年第八輪學位點審覈，園藝學、農業資源利用、農林經濟管理榮登博士學位授權一級學科。研究生教育雖有一定發展，但年招生仍徘徊於200餘人。
跨入21世紀，研究生教育迎來發展機遇，學位點快速增長，學科齊備、層次增多、規模擴大。至今，已有21個博士授權一級學科，46個碩士授權一級學科，5個國家重點學科(含2個培育學科)，1個國家重點實驗室，1個國家工程中心。19個碩士專業學位點，1個博士專業學位點。年招收博士研究生320餘人、碩士研究生6000餘人(包括免費師範生在職攻讀碩士學位2000餘人)，在校研究生達16000餘人。桃李遍華夏，才俊布五洲。
爲適應研究生教育人才培養需求，2011年10月，學校批准成立研究生院和研究生工作部，並於2012年9月28日正式揭牌，下設八個科級機構，在崗28人，負責招生、培養、思想政治教育、學生管理、學位授予、專業學位管理及學科建設。
研究生教育理念
深入貫徹落實《國家中長期教育改革和發展規劃綱要(2010-2020年)》、教育部、國家發改委和財政部《關於深化研究生教育改革的意見》(教研〔2013〕1號)、教育部《關於全面提高高等教育質量的若干意見》和《國務院學位委員會關於在學位授予工作中加強學術道德和學術規範建設的意見》(學位【2010】9號)精神，根據學校戰略發展規劃, 瞄準科學前沿和國家發展的重大需求，走“內涵發展、分類建設、協同創新、提升質量”的發展之路，積極推動高層次人才培養協同創新，以人才培養模式改革爲基礎，以研究生教育國際化爲牽引，以結構調整爲動力，以創新能力提升爲重點，實施“六大工程”，全面提升學校學位與研究生教育質量。
學科建設簡介
學校現有5個國家重點學科(其中2個國家重點培育學科)、39個省部(市)級重點學科、19個博士後科研流動站、21個一級學科博士學位授權點;46個一級學科碩士學位授權點;1種專業博士學位，19種專業碩士學位。有1個國家重點實驗室、1個國家工程技術研究中心、7個教育部或農業部重點實驗室、2個國家野外科學觀測試驗站、3個教育部工程研究中心、2個國家創新引智基地、3個教育部創新團隊、23個省(市)級重點實驗室、9個省(市)級工程技術研究中心、1個教育部人文社會科學重點研究基地、11個重慶市人文社會科學重點研究基地。學科涵蓋12個學科門類，55個一級學科。
