高新技術企業認定申請工作概括起來大致分爲四部分：明晰規定，熟悉程序，完善材料，網上操作。其中明晰規定是指申請企業應當認真研讀《認定辦法》、《工作指引》，結合自身情況認真加以對照，作出是否符合要求或努力方向的準確判斷。熟悉程序是指申請企業對高新技術企業的認定與享受稅收優惠的程序要清楚明瞭，不走彎路。完善材料是指申請企業在認爲自己符合認定要求後，要對申請材料進行認真準備，力求完美。網上操作是指高新技術企業的認定工作已有改變，不再是層級上報材料，而是直接在網上申請和提交材料。
高新技術企業認定程序有五個環節，包括自我評價、註冊登記、準備並提交材料、組織審查與認定、公示及頒發證書。申請企業要完成的是前三項，其中材料準備是最重要的一項工作。《工作指引》二（3）列舉了需要提交的材料種類，包括認定申請書，兩個鑑證報告（近三個會計年度研究開發費用鑑證報告、近三個會計年度的財務報表鑑證報告含資產負債表、利潤及利潤分配表、現金流量表）（實際年限不足三年的按實際經營年限），一個審計報告（近一個會計年度高新技術產品（服務）收入專項審計報告），以及技術創新活動證明材料。
根據《工作指引》規定，企業申請高新技術企業的認定申請書由《企業基本信息表》、《企業研究開發項目表》、《上年度高新技術產品（服務）情況表》、《近三年內獲得自主知識產權彙總表》、《企業年度研究開發費用結構明細表》五種表格組成，在填表時要注意所有的財務數據都來自專項審計報告，要和鑑證報告、審計報告完全一致。其中《企業基本信息表》中“近三年內獲得的自主知識產權數”一欄所填內容，應與技術創新活動證明材料一一對應並完全吻合：“人力資源情況”欄要注意兩個比例要求，即大專以上學歷的科技人員要佔（申請）當年職工總數30%以上，研發人員佔職工人數10%以上；其他一些文字描述的內容多以數據闡述，少用華麗詞句，注意言簡意賅。
在申請認定高新技術企業工作中，研究開發費用的歸集與覈算是一項基礎而重要的工作，它不僅關係到申請認定能否通過，還涉及計算企業所得稅時技術開發費的加計扣除，對企業的利益有很大的影響。提醒企業注意以下幾個方面：
提示一：企業可考慮在“管理費用”明細賬下設“研發費用”明細賬，按各“研發項目”歸集覈算“內部研究開發投入”和“委託外部研究開發投入”。這樣發生的全部研發費用就在一本賬上反映，把在準備申請認定材料時要做的工作，當成日常事務給做了。既可以便於申請認定時註冊會計師的審計覈對，也有利於計算應納稅所得額時技術開發費的'加計扣除，主管稅務機關審覈起來也方便。在填寫《企業年度研究開發費用結構明細表》時，只需抄錄註冊會計師的審計報告即可。
提示二：企業應當設有專門的科研人員名冊，一方面便於申請認定時對科研人員比例要求的核對；另一方面，便於在費用歸集時的相互對應。企業應當和科研人員訂有勞動合同，繳納社會保險，強調的是科技人員在企業工作時間每年不少於半年（183天）。在支付科研人員人工費時，可以考慮集中製表且與勞動合同相一致。
提示三：企業在研發工作開展後發生的設備折舊和無形資產攤銷可直接計算，企業可根據批准的研發項目立項報告，把“固定資產”和“無形資產”的管理部門調整爲研發機構，以便正確計算折舊和攤銷額。
提示四：設計（規劃）費用、裝備調試費要有合法證據，這些費用往往是發生在企業內部中，沒有多少外來原始憑證，事後很難收集和核實，比如調試設備的次數和每次消耗電費、相關技術工人的人工。所以，企業應按內部覈算的要求，做好原始記錄和憑證，及時履行審批程序，逐月結算入賬。
提示五：委託外部研究開發費用要注意項目成果及與企業主要業務緊密相關是衡量外部研發費用能否計入的重要因素。在簽訂委託合同時，應當特別註明。另外，發生的全部委託外部研發費用在申請認定時只能按80%計算，但在計算加計扣除時則沒有這樣的限制。
雖然《認定辦法》明確高新技術企業的認定不經過主管稅務機關，但企業仍應當注意與主管稅務機關做好溝通，及時瞭解和掌握當地有關認定工作的具體規定。企業在取得高新技術企業資格後應把證書及時告知主管稅務機關，而不要到申報企業所得稅時纔拿出來。如果減免稅條件發生變化，應在15日內報告；如果不符合條件，就主動納稅，以免被追繳，承擔滯納金並留下不良記錄。
