首都醫科大學建校於1960年，是北京市重點高等院校，已故著名泌尿外科專家、兩院院士、全國人大常委會副委員長吳階平教授爲首任校長。現任黨委書記李明教授，校長呂兆豐教授。
學校校本部設有10所學院和1所研究院，包括基礎醫學院、公共衛生學院、化學生物學與藥學院、生物醫學工程學院、中醫藥學院、衛生管理與教育學院、護理學院、燕京醫學院、全科醫學與繼續教育學院、國際學院;北京腦重大疾病研究院。學校現有19所臨牀醫學院暨附屬醫院，包括首都醫科大學宣武醫院(第一臨牀醫學院)、附屬北京友誼醫院(第二臨牀醫學院)、附屬北京朝陽醫院(第三臨牀醫學院)、附屬北京同仁醫院(第四臨牀醫學院)、附屬北京天壇醫院(第五臨牀醫學院)、附屬北京安貞醫院(第六臨牀醫學院)、附屬復興醫院(第八臨牀醫學院)、附屬北京佑安醫院(第九臨牀醫學院)、附屬北京胸科醫院(第十臨牀醫學院)、北京三博腦科醫院(第十一臨牀醫學院)、附屬北京地壇醫院(第十二臨牀醫學院)、附屬北京兒童醫院(兒科醫學院)、附屬北京口腔醫院(口腔醫學院)、附屬北京安定醫院(精神衛生學院)、附屬北京婦產醫院(婦產醫學院)、附屬北京中醫醫院(中醫藥臨牀醫學院)、附屬北京世紀壇醫院(腫瘤醫學院)、中國康復研究中心(康復醫學院)和附屬北京康復醫院(北京康復醫學院)，以及預防醫學教學基地(北京市疾病預防控制中心)。學校還設有37個臨牀專科學院、專科學系。
學校學科力量雄厚。現有8個國家重點學科，2個國家重點(培育)學科，56個國家臨牀重點專科(含中醫)，14個國家中醫藥管理局重點(培育)學科，4個北京市一級重點學科，6個北京市二級重點學科，1個北京市重點交叉學科，2個北京市一級重點建設學科，6個北京市二級重點建設學科，1個北京地區高等學校學科羣。3個國家臨牀醫學研究中心,1個省部共建國家重點實驗室培育基地，3個教育部重點實驗室，1個教育部省部共建重點實驗室，32個北京市重點實驗室。有8個一級學科博士學位授權點和11個一級學科碩士學位授權點;按照三級學科統計，有59個博士學位授權點和78個碩士學位授權點。有9個博士後科研流動站。
學校本專科專業齊全，設置的.七年制專業中有臨牀醫學(包括兒科方向)和口腔醫學;本科專業中有臨牀醫學、基礎醫學、口腔醫學、預防醫學、藥學、中醫學、中藥學、護理學、生物醫學工程、假肢矯形工程、康復治療學、公共事業管理(衛生管理)、醫學實驗技術、法學(衛生法學)、臨牀藥學、醫學檢驗技術等16個專業。高職高專教育設有護理、醫學檢驗技術、藥學等14個專業。現有全日制在校生10132人，其中研究生2943人，長學制學生1559人，本科生3214人，高專高職生1983人，留學生433人;成教學生4654人。學校培養醫學與醫學相關學科的學術型和應用型人才，形成了全方位、多層次、創新型人才培養模式。
學校目前有教育部、衛生計生委“卓越醫生教育培養計劃”試點項目4個，7個國家級特色專業和10個北京市級特色專業，7門國家級精品課程和18門市級精品課程，2個國家級實驗教學示範中心和5個市級實驗教學示範中心，3個國家級人才培養模式創新實驗區和1個市級人才培養模式創新實驗區，1個國家級大學生校外實踐教育基地，4個北京市級校外人才培養基地和1個素質培養基地，7個國家級優秀教學團隊和11個市級優秀教學團隊，1名國家級教學名師和16名市級教學名師。通過教育教學改革實踐，近五年學校獲得教育教學成果國家特等獎1項、二等獎2項;北京市特等獎1項、一等獎6項、二等獎10項。
學校具有較強的學術發展與科研實力，在校本部和附屬醫院擁有一批國家級和市級重點學科和重點實驗室的基礎上，建有高水平的國家級、市級研究和培訓機構，如國家生命科學與技術人才培養基地、衛生部全科醫學培訓中心、北京市全科醫學培訓中心、首都衛生管理與政策研究基地等。有1個國家工程技術研究中心、4個教育部工程研究中心、7個北京市工程技術研究中心。近5年來，學校承擔了國家“973”、“863”、國家自然科學基金、國家社會科學基金、北京市自然基金，以及國家教育部、衛生計生委、科技部、北京市科委、北京市教委等科研項目2319項(其中國家級科研項目1137項)，累計科研經費16.9億元;獲得各類各級獎勵84項，其中國家科技進步獎8項、北京市科技獎29項、教育部高等學校科學研究優秀成果獎21項、中華醫學科技獎20項、何樑何利科學與技術進步獎1項、吳階平醫學獎3項、北京市哲學社會科學優秀成果獎2項;獲得專利授權297項。神經生物學、細胞生物學、基礎免疫學、醫學圖像處理、生物信息檢測與處理、神經內科、神經外科、心臟內外科、腎移植、呼吸內科、消化內科、口腔生物醫學、眼科、耳鼻咽喉科、小兒血液病等在國內外享有較高的聲譽。
學校和附屬醫院現有教職員工和醫務人員35128人(校本部1560人，附屬醫院33568人)。有院士6人，特聘顧問11人，正高職稱1875人，副高職稱3275人。其中教授667人(校本部88人，附屬醫院579人),副教授1114人(校本部196人，附屬醫院918人);博士生導師362人(校本部80人，附屬醫院282人)，碩士生導師745人(校本部111人，附屬醫院634人)。有4個教育部創新團隊;1個科技部重點領域優秀創新團隊;校本部和附屬醫院總佔地面積136.1萬平方米(校本部24.7萬平方米,附屬醫院111.4萬平方米);總建築面積224.4萬平方米(校本部33.9萬平方米，附屬醫院190.5萬平方米);固定資產總值160.1億元(校本部15.9億元，附屬醫院144.2億元);教學科研儀器設備總值28.8億元(校本部10.5億元，附屬醫院18.3億元);圖書館藏書126.7萬冊(校本部80.4萬冊，附屬醫院46.3萬冊);住院病牀16555張。
學校有良好的教學科研輔助設施，建有圖書館、檔案館、醫學實驗與測試中心、信息與通訊中心、現代教育技術中心、臨牀檢測中心、實驗動物部、學報編輯部、校史館、中醫研修學院及首都國醫名師館、生命與健康博物館(籌)、後勤服務集團、校醫院等健全的技術服務平臺。
