一、財務管理目標創新
財務管理目標是財務管理工作的出發點和歸宿，它與其爲之服務的組織的性質以及外部環境密切相關。就當前而言，企業財務管理的目標是企業價值最大化，高校財務管理的目標是在保證國有資產安全有效和國家財政預算貫徹落實的基礎上，推動高校教學水平和科研水平提高。而獨立學院由於其民辦性質，必然與公立高校在財務管理目標上有所區別。但是，多數獨立學院的財務管理人員對此都沒有明確的認識，在工作中主要沿用舉辦高校的管理思路和方法，這顯然是與獨立學院本身的性質預計辦學者的初衷是不一致的。因此，獨立學院的財務管理人員必須創新管理目標與理念，在追求社會效益的同時，更多地考慮經濟效益，要更加註意辦學成本的核算與控制。
二、財務管理組織機制創新
財務管理組織是實施財務管理的核心主體，要保證財務管理工作有效運轉、更好地實現財務管理目標，必須建立健全與組織目標、組織環境、組織任務相適應的組織機構。當前，許多獨立學院還沒有獨立的財務管理機構，獨立學院的財務、會計工作由舉辦高校代理;有些獨立學院雖然設立了財務管理機構，但其權力非常有限，僅僅侷限於記賬算賬，沒有真正發揮財務管理的功能。因此，爲了保證獨立學院財務管理工作的有效開展，必須創新財務管理組織機制，建立董事會領導下的院長負責制。必須建立健全董事長經濟責任制，獨立學院的法定代表人是獨立學院的董事長，他對獨立學院的財務工作負有法律責任。董事會對學院的重大財務決策進行集體決策，院長受董事會的委託負責日常財務管理，作爲獨立學院行政機構的財務部對院長負責，以此形成關係明確的財務管理組織機制。舉辦高校要賦予獨立學院董事長和院長明確的經濟責任與權利，使學院能夠真正有能力追求其財務管理的目標。在規模比較大和組織機構比較健全的獨立學院可以按照事權和財權相統一的原則，將財權進行分解，建立健全各級經濟責任制，保證獨立學院財務管理規範化，促進獨立學院健康、可持續發展。
三、內部控制和監督機制創新
獨立學院內部控制與監督機制的基礎在於建立健全內部治理機制。對於獨立學院，可以建立黨政聯席會議制度、職工代表大會制度、審計委員會制度對各項財務活動進行監督、控制。具體運行過程中重點從以下三個方面入手：1.要加大對獨立學院領導經濟行爲的約束力度、強化重大財務決策集體審批制度。對重大經費開支和重大經濟決策，領導要集體探討研究，力爭從源頭嚴格控制資金的集中投向和投量，防止片面性。2.要建立健全適度公開制度。對重大經費開支要公開透明，採取集體把關、逐級公開、定期報告等措施。維護領導成員和教職工對重大開支、重要事項的.知情權和監督權，減少經費開支中的違法違規行爲。3.加強內部審計力度，定期對內部控制、監督執行情況進行檢查，審查獨立學院內部控制是否得到有效執行，堅持把內部控制和監督工作落到實處。獨立學院內部審計機構要根據現行國家相關法律法規，從本單位、本部門的實際情況出發，協助管理層調查，對獨立學院的內部的薄弱環節和關鍵部位進行審計，適時提供改進意見。獨立學院內審機構應該通過提高獨立學院內部審計機構的業務水平，不斷髮現新問題、新情況，逐步完善獨立學院內部控制制度，爲提高財務管理水平、防範財務風險提供創造條件。
四、財務預算管理體制創新
獨立學院預算管理是獨立學院財務管理重要組成部分，涉及到獨立學院經費活動的各個方面。獨立學院獨特的財務管理目標對獨立學院預算管理提出更加科學、全面、細化的要求。然而，當前仍然有很多獨立學院對教育經費的預算編制不夠重視，編制方法簡單，沒有對獨立學院發展過程中產生的問題進行可行性分析，沒有明確規範獨立學院在支出預算編制中的費用標準，基本延用“上年基數本年增長”的預算分配方法來確定本年度的支出規模，最終導致獨立學院的預算編制不合理。對此，必須創新預算管理辦法，優化預算編制，硬化預算約束，規範預算管理。獨立學院預算管理辦法一般應包括學院內部預算管理的職權、預算編制的內容、預算的編制、調整的程序等。與公辦高校不同，獨立學院預算編制的起點不是財政撥款控制數，而是市場，是招生規模。學院的預算可以採用彈性預算、零基預算等多種預算方法。
爲了充分調動獨立學院內部人員的積極性，對有限資源的進行優化配置，提高資金的有效使用率，促進獨立學院的健康發展，獨立學院可以實行財務預算分級管理機制，適當下放財權，使管理重心下移。預算分級管理機制是一種學院扁平化的分權管理模式，學院根據各系、部門上報的全年收支計劃，經由財務部審覈、調整後統一劃撥到各系、部門，實行全年包乾、超支不補、節約歸部門的管理制度。
五、財務分析評價機制創新
目前，大部分獨立學院只對一定期間內的財務收支狀況和資金結存情況進行財務分析，而缺乏對獨立學院資金在結構、狀態和效益等方面的分析，從而無法對獨立學院的發展作出科學的決策，最終給獨立學院財務管理帶來風險。獨立學院財務分析制度的建立，能夠使獨立學院的經營者正確地掌握學校財務運行狀況，比如預算資金使用的有效與無效、損失與浪費、資金配置是否合理、教學設備的利用是否充分等問題。獨立學院要注重發揮財務分析和財務報告的作用，通過研究對獨立學院財務管理存在的問題進行嚴格控制和防範。逐步認識和掌握獨立學院財務活動的規律，提高獨立學院進行財務決策的水平和能力，真正發揮財務部門的參謀作用，使財務管理向“決策型、控制型”拓展。
