藏語言文學：
學科最早可以追溯到1951年開辦的藏文幹部培訓班，至今已有55年的歷史。學院不僅本、專科學科建設歷史較早，其研究生專業在西藏大學也是開設最早的。1998年，藏語言文學和藏族歷史兩個專業同時被國務院學位辦公室批准爲碩士學位授予點。2005年，這兩個專業又被學校評爲首批校級重點學科。至今，學院已培養碩士研究生、本科生、專科生、留學生等各層次人才1萬餘人。所培養的.學生受到各用人單位的普遍好評。
藥學（藏.西藥方向）：
學科是西藏大學醫學學院結合自身特點和西藏自治區獨特的地域和傳統優勢，將高原醫學和藏藥的現代化研究和開發、西藏地方病和常見病的流行病學研究和藏族基因組學研究等相結合，而重點建設的特色優勢學科。目前與四川大學華西醫學中心(原華西醫科大學)、北京大學醫學部、復旦大學等一大批國內著名院校建立了良好的合作及對口援助關係，在師資培訓、聯合辦學等方面開展多層次、多渠道的交流合作。並有多個實習基地供學生們提高自己的實踐能力。
數學與應用數學（師範類）：專業是西藏大學比較特色的專業，在教育部、財政部公佈的2007年度第二批高等學校特色專業建設點名單中，該專業和農學(植物生產類)專業雙雙入選。
