本文所討論的安全性環境是在Linux+Apache+Mysql+PHP。超出此範圍的安全性問題不在本文範疇之內。
1、以Nobody用戶運行
一般情況下，Apache是由Root 來安裝和運行的。如果ApacheServer進程具有Root用戶特權，那麼它將給系統的安全構成很大的威脅，應確保Apache Server進程以最可能低的權限用戶來運行。通過修改文件中的下列選項，以Nobody用戶運行Apache 達到相對安全的目的。
User nobody
Group# -1
2、ServerRoot目錄的權限
爲了確保所有的配置是適當的和安全的，需要嚴格控制Apache 主目錄的訪問權限，使非超級用戶不能修改該目錄中的內容。Apache 的主目錄對應於Apache Server配置文件的Server Root控制項中，應爲：
Server Root /usr/local/apache
3、SSI的配置
在配置文件 或中的確Options指令處加入Includes NO EXEC選項，用以禁用Apache Server 中的執行功能。避免用戶直接執行Apache 服務器中的執行程序，而造成服務器系統的公開化。
Options Includes Noexec
4、阻止用戶修改系統設置
在Apache 服務器的配置文件中進行以下的設置，阻止用戶建立、修改 cess文件，防止用戶超越能定義的系統安全特性。
AllowOveride None
Options None
Allow from all
然後再分別對特定的目錄進行適當的配置。
5、改變Apache 服務器的缺省訪問特性
Apache 的默認設置只能保障一定程度的`安全，如果服務器能夠通過正常的映射規則找到文件，那麼客戶端便會獲取該文件，如http://localhost/~ root/ 將允許用戶訪問整個文件系統。在服務器文件中加入如下內容：
order deny,ellow
Deny from all
將禁止對文件系統的缺省訪問。
6、CGI腳本的安全考慮
CGI腳本是一系列可以通過Web服務器來運行的程序。爲了保證系統的安全性，應確保CGI的作者是可信的。對CGI而言，最好將其限制在一個特定的目錄下，如cgi-bin之下，便於管理；另外應該保證CGI目錄下的文件是不可寫的，避免一些欺騙性的程序駐留或混跡其中；如果能夠給用戶提供一個安全性良好的CGI程序的模塊作爲參考，也許會減少許多不必要的麻煩和安全隱患；除去CGI目錄下的所有非業務應用的腳本，以防異常的信息泄漏。
7、SSL鏈接加密
以上這些常用的舉措可以給Apache Server 一個基本的安全運行環境，顯然在具體實施上還要做進一步的細化分解，制定出符合實際應用的安全配置方案。
二、PHP安全性設置服務器並不能阻止所有的安全問題，例如程序漏洞問題、用戶輸入表單問題、PHP文件權限問題等。 也可以通過一些手段來迷惑黑客或者別有用心者。
1、程序代碼漏洞問題
很多 PHP 程序所存在的重大弱點並不是 PHP 語言本身的問題，而是編程者的安全意識不高而導致的。因此，必須時時注意每一段代碼可能存在的問題，去發現非正確數據提交時可能造成的影響。
<?php
unlink($evil_var);
fwrite($fp,$evil_var);
system($evil_var);
exec($evil_var);
?>
必須時常留意你的代碼，以確保每一個從客戶端提交的變量都經過適當的檢查，然後問自己以下一些問題：
此腳本是否只能影響所預期的文件？
非正常的數據被提交後能否產生作用？
此腳本能用於計劃外的用途嗎？
此腳本能否和其它腳本結合起來做壞事？
是否所有的事務都被充分記錄了？
在寫代碼的時候問自己這些問題，否則以後可能要爲了增加安全性而重寫代碼了。注意了這些問題的話，也許還不完全能保證系統的安全，但是至少可以提高安全性。
還可以考慮關閉 register_globals，magic_quotes 或者其它使編程更方便但會使某個變量的合法性，來源和其值被搞亂的設置。
2、用戶輸入表單問題
驗證用戶輸入的任何數據，保證PHP代碼的安全。
注意1：JS只是爲了提高來訪用戶的體驗而產生的，而不是驗證的工具。因爲任何一個來訪的用戶都可能會，也有可能無意間就禁用了客戶端腳本的執行，從而跳過這層驗證。所以我們必須在PHP的服務器端程序上檢驗這些數據。
注意2:不要使用$_SERVER[‘HTTP_REFERER’]這個超級變量來檢查數據的來源地址，一個很小的菜鳥黑客都會利用工具來僞造這個變量的數據，儘可能利用Md5，或者rand等函數來產生一個令牌，驗證來源的時候，驗證這個令牌是否匹配。
3、PHP文件權限問題
PHP 被設計爲以用戶級別來訪問文件系統，所以完全有可能通過編寫一段 PHP 代碼來讀取系統文件如/etc/passwd，更改網絡連接以及發送大量打印任務等等。因此必須確保 PHP 代碼讀取和寫入的是合適的文件。 請看下面的代碼，用戶想要刪除自己主目錄中的一個文件。假設此情形是通過 web 界面來管理文件系統，因此 Apache 用戶有權刪除用戶目錄下的文件。
<?php
$username=$_POST['user_submitted_name'];
$homedir="/home/$username";
$file_to_="$userfile";
unlink("$homedir/$userfile");
echo"$file_to_ has been d!";
?>
既然 username 變量可以通過用戶表單來提交，那就可以提交別人的用戶名和文件名，並刪除該文件。這種情況下，就要考慮其它方式的認證：
-只給 PHP 的 web 用戶很有限的權限。 -檢查所有提交上來的變量。 -以下是更加安全的文件名和變量的驗證和檢查：
<?php
$username=$_SERVER['REMOTE_USER'];
$homedir="/home/$username";
if(!ereg('^[^./][^/]*$',$userfile))
die('bad filename');
if(!ereg('^[^./][^/]*$',$username))
die('bad username');
?>
4、隱藏PHP擴展名
一般而言，通過隱藏的手段提高安全性被認爲是作用不大的做法。但某些情況下，儘可能的多增加一份安全性都是值得的。
一些簡單的方法可以幫助隱藏 PHP，這樣做可以提高攻擊者發現系統弱點的難度。在 文件裏設置 expose_php = off ，可以減少他們能獲得的有用信息。
另一個策略就是讓 web 服務器用 PHP 解析不同擴展名。無論是通過 cess 文件還是 Apache 的配置文件，都可以設置能誤導攻擊者的文件擴展名：
# 使PHP看上去像其它的編程語言
AddType application/x-httpd-php
# 使 PHP 看上去像未知的文件類型
AddType application/x-httpd-php .133t
# 使 PHP 代碼看上去像HTML頁面
AddType application/x-httpd-php
要讓此方法生效，必須把 PHP 文件的擴展名改爲以上的擴展名。這樣就通過隱藏來提高了安全性，雖然防禦能力很低而且有些缺點。
