1.大多數縣只有一所國立大學
日本的國立大學總共有97所，除去專業性的大學，絕大多數地方(縣)只有一所國立大學，如果是挑選某個地區，在大多數情況下實際上意味着只能申請一所大學。另外，有些大學招收研究生有嚴格的限制，如只接受公費留學生，或與之有學術交流協定、學生交換協定大學的學生等。
2.絕大多數日本大學研究生的錄取採取指導教授決定製
教授接受申請者的最基本前提是其所研究的專業課題必須與教授一致。不論在哪個國家，研究同一課題的導師都是有限的，在同一所大學裏研究同一課題的導師就更少了。另外，即使成功地對上了導師的研究課題，但導師接受的研究生是有限的，一般只帶一、兩個人，名額已滿的情況很多，導師出國講學不便接受研究生的情況也不少。這些因素就決定了導師聯繫的方式——這個不行聯繫另一個，也就是說只能是以專業課題來聯繫導師，從而確定學校、確定地區，而不是相反，更不是以其他因素來確定，否則申請渺茫。
3.不符合教授要求
教授是否接受申請者的因素主要有：
①請者的'基本條件，如學歷、語言水平;
②基礎學力即知識水平和研究能力;
③培養潛力。
後兩項主要是通過成績表、研究業績、論文、作品以及研究課題的確定、研究計劃書的寫作來判定。除次之外，還要看畢業學校的檔次，一般情況下，畢業學校檔次應與所申請的學校的檔次相當，如果差的太多將會影響申請。
