在日本大學院（中國稱爲研究生院）裏，有不同的“研究科”，每個“研究科”下面又分成幾個專業（日本稱爲專攻）。此外，還有專任教授的研究室和專題小組。另外，有隻設博士課程及5年制博士課程的大學院，還有一些爲數不多的僅設有相對應本科課程的“獨立大學院”和完全沒有本科課程而只有大學院的“大學院大學”。據日本相關資料介紹，目前在日本有506所研究生院（國立97所，公立60所，私立349所）。
大學院的正規課程有碩士（日本稱修士）課程（修業年限2年）及博士課程（修業年限5年）。大部分的博士課程分爲前期課程（2年，相當於碩士課程）及後期課程（3年）。
有些大學院的博士課程是5年一貫制，也有些只設有後期3年的課程而已。醫科、牙科及獸醫科的博士課程是先修完6年的學部課程纔可進入大學院，修業年限4年。除了以上的正規課程，有些大學院設有研究生（中國稱爲研修生）、聽講生和科目履修士制度。
研究生是日本獨特的制度。根據各大學不同而分成“學部研究生”和“大學院研究生”，但內容上可以認爲基本相同。研究生基本上分爲以下三類：
（1）並非志在取得學位，爲了進行短期間的研究活動。
（2）大學間交流協定下，短期留學生。
（3）大學院碩士或博士課程入學前的準備期間的學生。
目前，大多數外國留學生是利用1年至2年的留學時間準備大學院正規課程的入學考試。不論正規課程或研究生，一般要求都必須要先找好指導教授，並取得入學許可的承諾。研究生有半年至2年的時間在指導教授門下學習專業知識，可充分、準確地準備碩士和博士課程的入學考試，又可學習專業日語，還是有不少有利之處的。但研究生畢竟不同於本科碩士和博士課程的“正規生”，會有諸如不可申請獎學金，不可入住大學院的學生宿舍等一些限制和不便之處。研究生制度不僅各大學間有所不同，而且各研究科擔當教授所持的入學審查標準也可能各不相同。實際上，研究生能否被接納入學其決定權在於研究室、專業小組等的擔當教授的個人判斷。就是說，成爲研究生的可能性在於是否能夠找到與自己研究專業相對應並願意接納自己爲研究生的一位擔當教授。另外，有些大學負責介紹擔當教授，爲自己順利入學提供了方便。
日本的國公立大學和部分私立大學，一般都要求外國留學生經歷研究生的過程，再入正規課程的學習。但也有些大學院對學生進行面試和考試後就直接錄取爲正規課程生，如東京“帝京大學”每年2次在北京等地由該大學事務部長和教授直接面試學生，凡各方面符合條件並經學校教授委員會審覈同意的即可直接錄取爲攻讀碩士或博士課程的正規生。這樣不僅免去了研究生階段的學習，而且節省了時間和留學費用，這是最佳的選擇。
目前中國高自考、成人高等教育的學歷（學歷必經國家教育部承認）一般是被日本大學院接受的，但各大學的.錄取標準和掌握尺度不一樣。詳情請向所申請的大學院進行諮詢。
對日語和英語的重視程度相同
雖然大部分研究科對申請人的日語能力並非要求達到一級水平，但入學後的課程絕大多數是用日語進行的，特別是文科的學習，必須能夠閱讀並理解許多專業書籍，所以需要與日語能力一級考試相同或更高的日語水平。目前有部分大學院規定，申請人必須提供“考試”的日語成績（此考試每年舉行兩次，目前在我國尚未實施），而推行此規定的大學院日趨增加。另外，理科學習中會有許多英文教科書，以及提交報告、論文時使用英語的情況也會有。有的大學院還要求申請人提供英語托福考試成績。日本大學的許多教授都有歐美留學或研修的背景，英語水平較高，留學生用英語同教授交流的情況也屢見不鮮。但在日常及研究室中的交流仍然是以日語爲主，所以還是具有較高的日語水平爲好。但是在大學院當中，最受重視的並非日語水平的高低，而是在專業方面的實力和研究慾望，其次纔是日語和英語的能力。大多數大學院對日語和英語的重視程度相同，需要格外注意。
準備入學考試的時間表
大學院的招生簡章通常於入學年的前一年的6-8月向外公佈。入學考試的時間因大學而異，大多數在8-10月進行，也有2-3月舉行的。有的大學院每年只招收4月入學生，但也有大學院每年招收4月和10月兩期入學生。因此在每年6-7月間則應該針對自己想要學習的專業和課題鑑別並篩選適當的大學。已在日本大學別科或語言學校學習的同學，在8月的暑假期間可爲日後入學考試時須提交的研究計劃書而着手收集、整理有關參考資料，並着手撰寫。在9月份暑假結束後應去所希望的研究室找未來的指導老師面談。但是，如果選定了比較中意的大學的研究科，可根據該學校的入學考試時間來安排自己的時間表。
考生準備要點
1、 認識、確立自己希望研究的專業。要認真考慮自己所需要研究的專業與自己大學本科的學習科目、畢業論文、畢業設計、工作經驗的相關性。雖然並非絕對不能改換專業，但進大學院必須具備與本科畢業水平相等的專業知識，除非能夠擁有充分說服力的從事相關專業的工作經驗和專業知識，否則改換專業基本上是不會被接受的。
2、 尋找設有自己希望專業的大學。如希望進某所大學，首先要查詢該校的碩士課程、博士課程、研究生制度、聽講生制度、科目履修生制度等是否設置，是否有專門爲外國留學生開設的特別入學考試等。
3、 選定研究室及指導教授。首先，要取得大學院的招生綱要，絕大多數的綱要中會比較詳細的介紹研究科的課程內容、授課教員的專業等。
4、每所大學院的招生簡章都會寫明在申請大學時應提交的文件，一般來說需提交入學申請 書、畢業證書、成績單、研究計劃書等。每個大學院要求申請人提供的材料不盡相同。詳情請向各大學院諮詢。
在日本的大學院，入學後要更換研究室或指導教授是非常困難的，因此在向研究室 申請之前，務必三思而後行。
大部分大學對研究生來說，可以根據書面資料審查後准予入學，但也有一些大學則要求留學生必須去日本參加面試和考試後才能准予入學。特別是想考入日本國公立大學院的外國學生很多，而每個教授一般每年只招收2、3個研究生，因此入學競爭激烈。對於中國的私費留學生來說，若想在國內通過材料自己進行申請並獲成功是比較難的。
