目前，集裝箱貨物海上運價體系較內陸運價成熟。基本上分爲兩個大類，一類是襲用件雜貨運費計算方法，即以每運費噸爲單位(俗稱散貨價)，另一類是以每個集裝箱爲計費單位(俗稱包箱價)。
1.件雜貨基本費率加附加費：
(1)基本費率--參照傳統件雜貨運價，以運費噸爲計算單位，多數航線上採用等級費率。
(2)附加費--除傳統雜貨所收的常規附加費外，還要加收一些與集裝箱貨物運輸有關的附加費。
2.包箱費率(BOX RATE)：
這種費率以每個集裝箱爲計費單位，常用於集裝箱交貨的情況，即CFS-CY或CY-CY條款，常見的包箱費率有以下三種表現形式：
(1)FAK包箱費率(FREIGHT FOR ALL KINDS)--即對每一集裝箱不細分箱內貨類，不計貨量(在重要限額之內)統一收取的運價。
(2)FCS包箱費率(FREIGHT FOR CLASS)--按不同貨物等級制定的包箱費率，集裝箱普通貨物的等級劃分與雜貨運輸分法一樣，仍是1-20級，但是集裝箱貨物的費率差級大大小於雜貨費率級差，一般低級的集裝箱收費高於傳統運輸，高價貨集裝箱低於傳統運輸;同一等級的貨物，重貨集裝箱運價高於體積貨運價。可見，船公司鼓勵人們把高價貨和體積貨裝箱運輸。在這種費率下，拼箱貨運費計算與傳統運輸一樣，根據貨物名稱查得等級，計算標準，然後去套相應的費率，乘以運費噸，即得運費。
(3)FCB包箱費率(FREIGHT FOR CLASS或BASIS)--這是按不同貨物等級或貨類以及計算標準制訂的費率。
集裝箱有哪些優點?
如果物流過程中，各種運輸方式能夠實現銜接運行，實現多次聯運，那麼，毫無疑問的，就可以降低成本和提高效率。所以，集裝箱不僅可以使物流作業效率得到提升，也可以使成本大大降低。它是實現多次聯運的重要載體。
集裝箱有哪些缺點?
在實際操作中，物流過程的多次搬倒、裝卸是非常典型的一種現象。因此，引發的作業成本增加、貨物破損、服務時間延長等問題也是普遍存在的。很多人認爲，原因是政府條塊分割的管理模式，其實是有一定道理的'。這也是集裝箱效率會有所的不同的根本原因。
不同港口不同地區爲何效率不同?
集裝箱效率不同主要有兩方面的原因，一方面，部門之間、地區之間的權利和責任存在交叉和重複，難以有效的合作和協調，物流組織布局分散，地方封鎖和行業壟斷對物流資源的整合和一體化運作造成障礙，行業和區域物流發展的程度和水平差距拉大;另一方面，各部門、各地區各管一塊，將全社會物流過程分割開來，實行一種分段式的管理模式，多種運輸方式不協調，線路與節點不配套和各種設施之間不銜接所造成的矛盾比較突出。
集裝箱滯箱怎麼辦?
集裝箱滯箱是一個較爲突出的問題。例如，2016年3月17日，中國日報網報道的《數百集裝箱車滯留在與中國雲南省接壤的越南河江省清水國際口岸》。那麼，如何能避免集裝箱滯箱呢?例如在貨物辦理進口通關手續的同時，進口商可以向船東瞭解集裝箱將要回到哪家堆場，然後與堆場聯繫，由堆場下屬的車隊將放行後的貨物直接提到堆場，在堆場裏面淘箱，然後根據需要將貨物採用鐵路或者汽車運送到最終目的地。這樣至少可以節約兩天的時間。在進口集裝箱數量較多的時候，採用這種方法不僅可以爲通關放行多準備一些時間，也可以減少滯箱費用。
集裝箱滯期提不出去，不但會產生鉅額的滯箱，堆存費用，如果是生鮮食品應季產品，延誤提箱，還會造成產品腐壞或錯過最佳銷售時機，給收貨人帶來鉅額損失。爲避免或減少損失，貨主可事先向船公司申請免費用箱期和堆存期，另外，提前做好相應報關報驗工作，做好提箱陸運等工作的銜接。
