蘇州博物館新館的設計結合了傳統的蘇州建築風格，把博物館置於院落之間，使建築物與其周圍環境相協調。博物館的主庭院等於是北面拙政園建築風格的延伸和現代版的詮釋。
新的博物館庭院，較小的展區，以及行政管理區的庭院在造景設計上擺脫了傳統的風景園林設計思路。而新的設計思路是爲每個花園尋求新的導向和主題，把傳統園林風景設計的精髓不斷挖掘提煉並形成未來中國園林建築發展的方向。
儘管白色粉牆將成爲博物館新館的`主色調，以此把該建築與蘇州傳統的城市機理融合在一起，但是，那些到處可見的、千篇一律的灰色小青瓦坡頂和窗框將被灰色的花崗岩所取代，以追求更好的統一色彩和紋理。博物館屋頂設計的靈感來源於蘇州傳統的坡頂景觀一一飛檐翹角與細緻入微的建築細部。然而，新的屋頂已被重新詮釋，並演變成一種新的幾何效果。玻璃屋頂將與石屋頂相互映襯，使自然光進入活動區域和博物館的展區，爲參觀者提供導向並讓參觀者感到心曠神怡。玻璃屋頂和石屋頂的構造系統也源於傳統的屋面系統，過去的木樑和木椽構架系統將被現代的開放式鋼結構、木作和塗料組成的頂棚系統所取代。金屬遮陽片和懷舊的木作構架將在玻璃屋頂之下被廣泛使用，以便控制和過濾進入展區的太陽光線。
建築與創新的園藝是互相依託的，貝聿銘設計了一個主庭院和若干小內庭院，佈局精巧。其中，最爲獨到的是中軸線上的北部庭院，不僅使遊客透過大堂玻璃可一睹江南水景特色，而且庭院隔北牆直接銜接拙政園之補園，新舊園景融爲一體。
