內因包括機體內的各種重要條件因素，相同外因作用下，內因條件不同，後果也不同。
(一)遺傳因素
臨牀上早就發現自身免疫性疾病的發生有家族史傾向。在動物實驗研究中陸續發現了幾種自身免疫病的品(NZB、NAB/NAWF1小鼠OS來亨雞等)進一步提示遺傳與自身免疫病的關係。70年代以來，對人白細胞抗原(HLA)的研究有了很大的進展。發現HLA與某些疾病，特別是與某些自身免疫性疾病的發生密切相關。如患有強直性脊椎炎的病人中90%以上帶有HLA-B27抗原。凡帶有HLA-B8、DW3、DRW3單體型的人發生多種自身免疫病的危險性比帶有其他型的人高得多。Addison病與B8、DR3有關，胰島素依賴型糖尿病(又稱型或青年型糖尿病)與B8、DR3、DDR4、DR3/4有關，類風溼關節炎與DR4有關。慢性甲狀腺炎(Hashimoto病HLA-DR5有關。新近，人們對MHC與疾病關聯的研究深入到了分子水平。糖尿病低抗者DQβ鏈第57位是天門冬酸，而易感者常出現絲氨酸、纈氨酸、丙氨酸。在NOD(nonobese diabetic)轉基因小鼠中證實了上述結果。
利用小鼠胰島素依賴型糖尿病(IDDM)模型研究發現，疾病發生受多基因控制。基因之一是與H-2K端相連鎖。第二個糖尿病基因座在第9對染色體位於Thy-1與MDD1基因標誌之間。通過返交試驗發現易感動物至少有3個隱性致糖尿病基因。
遺傳易感傾向並非絕對，疾病的外顯率也受環境因素影響。
(二)機體免疫系統功能失常
統計數字表明體液或細胞免疫缺陷者自身免疫病的發生率高於正常隨機人羣。先天性或後天獲得性低丙球蛋白血癥者自身免疫病的發生率可高達14%，而正常人羣(指無免疫缺陷)中的.發生率爲0,001～0.01%。細胞免疫缺陷常同時伴有腫瘤與自身免疫的高發現象。
胸腺功能不全、慢性病毒感染、增生性變化等與自身免疫的發生有關。SLE患者血清中胸腺激素含量下降，胸腺萎縮，試用胸腺素治療曾觀察到症狀緩解。摘除胸腺對重症肌無力者有顯著療效。
(三)年齡、性別及內分泌的影響
臨牀觀察老年人中自身抗體檢出率增高，在60～70歲以上的老年人中有50%以上可以檢出自身抗體。臨牀觀察也發現自身免疫病多好發於婦女，據統計SLE患者，女性比男性多9倍以上。動物實驗證實了性激素在自身免疫病發展中的作用。將雄性NZB小鼠進行閹割，可加速病變、病情加劇、壽命縮短。而雌性病鼠接受雄激素治療則可延長壽命。
