Windows3.x和MS-DOS一直使用的是檔案分配表(FAT)系統;Windows95使用的是擴充套件FAT檔案系統;WindowsNT檔案系統則在繼續支援16位檔案系統的同時，還支援兩種32位的檔案系統——WindowsNT檔案系統(NTFS)和高效能檔案系統(HPFS)。這幾種檔案系統各有優缺點，適合於不同的應用目的。下面小編整理了Windows作業系統的檔案系統，供大家參閱。
一、檔案分配表(FAT)系統
FAT檔案系統1982年開始應用於MS-DOS中。FAT檔案系統主要的優就是它可以由多種作業系統訪問，如MS-DOS、Windows3.x、Windows95/98/2k、WindowsNT和OS/2等。而且對於ARC相容計算機來說，它的主分割槽必格式化為FAT分割槽，這個分割槽的大小隻需能存放引導機器的檔案就以了，而不會用於存放資料和其他應用程式檔案。遺憾的是FAT檔案統不支援長檔名。人們給檔案命名時受8個字元名3個字元副檔名8.3命名規則限制。同時FAT檔案系統無法支援系統高階容錯特性，不具有內部安全特性等。
二、擴充套件檔案分配表(VFAT)系統
在Windows95中，通過對FAT檔案系統的擴充套件，長檔名問題得到了善解決，這也就是人們所謂的擴充套件FAT(VFAT)檔案系統。在Windows95中，檔名可長達255個字元，所以人們很容易通過名字來表現檔案內。但是為了同MS-DOS和Win16位程式相容，它仍保留有副檔名。它同也支援檔案日期和時間屬性，為每個檔案保留了檔案建立日期/時間、檔案最近被修改的日期/時間和檔案最近被開啟的日期/時間這三個日期/時間戳。Windows95的VFAT檔案系統和下面將要提到的WindowsNT檔案系統(NTFS)和高效能檔案系統都支援長檔名。在使用這個特性時注意到以下幾點:
1.由於長檔名將要佔用多個目錄項，因此，如果在根目錄中建立檔名檔案，將會影響根目錄中可存放檔案的總數目;如果在子目錄中建立長檔名檔案，將會多佔用一些磁碟空間。
2.在MS-DOS下刪除一個或改變一個由長檔名轉換而來的檔名，將丟失其長檔名佔用的用於儲存長檔名的名字字元目錄項和儲存長檔名的型別資訊目錄項，這些目錄項如果不做特殊處理的話，在一般MS-DOS下將永久無法使用。
3.一些現有的基於DOS的磁碟管理實用程式(如磁碟碎片消除工具、磁碟位編輯器和一些磁碟備份軟體)處理FAT表項時，可能會破壞FAT表的長檔名項，但相應的8.3檔名不受影響。因此，我們應該儘可能使用Windows95提供的磁碟管理實用程式來執行檔案備份、恢復等操作，以保留長檔名。
4.在MS-DOS和Windows3.x中執行的某些應用程式，由於它不能識別長檔名，使用這些應用程式開啟帶有長檔名的檔案後再儲存，長檔名將丟失。或者將一個帶有長檔名的檔案拷貝到不支援長檔名的系統中，則長檔名也將丟失。
三、WindowsNT檔案系統
NTFS支援WindowsNT的所有優點。這些優點中最重要的是WindowsNT的安全性。與NTFS檔案系統相結合，能夠指定誰能訪問某一檔案或目錄和對它作什麼操作。在建立一個檔案時，可以通知WindowsNT，哪些使用者可以讀該檔案，哪些使用者可以修改該檔案;另外，還可以指定誰可以列出一個目錄的內容和誰可以在該目錄下增加檔案。即使使用者知道檔案的路徑，仍可以禁止訪問目錄中的檔案，只有NTFS分割槽中的檔案才有這種稱為任意訪問控制的能力。
NTFS的第二個優點是它具有先進的容錯能力。NTFS使用一種稱為事務(transaction)登入的技術跟蹤對磁碟的修改，因此，NTFS可以在幾秒鐘內恢復錯誤而不是HPFS的幾分鐘或幾小時(取決於HPFS分割槽的大小)。
NTFS的第三個優點是其檔案不易受到病毒和系統崩潰的侵襲，這種抗干擾直接源於WindowsNT作業系統的`高度安全效能。即使在FAT和NTFS兩種檔案系統在一個磁碟中並存時，由於NTFS檔案系統只能被WindowsNT識別，一般的病毒還是很難在NTFS檔案系統中找到生存空間。
對於大分割槽，NTFS比FAT和HPFS效率都高，FAT和HPFS比NTFS需要更多的空間來儲存檔案系統用於管理硬碟上檔案和目錄的資訊。
此外，由於NTFS檔案系統支援長檔名，人們給檔案命名時現也不需受8.3命名規則限制，從而可以給檔案起一個反映其意義的檔名。NTFS支援向下相容，甚至可以從新的長檔名中產生老式的短檔名。當檔案寫入可移動媒體(如軟盤)時，它自動採用FAT檔名FAT檔案系統。
實際上NTFS的主要弱點是它只能被WindowsNT所識別。NTFS檔案系統可以存取FAT檔案系統和HPFS檔案系統的檔案，但其檔案卻不能被FAT檔案系統和HPFS檔案系統所存取，相容性不是特別好。但從網路安全性的角度來說，這種限制也是一種優點，它可以保證如果其他作業系統沒有Windows的安全控制，其使用者就不能對NTFS分割槽中的檔案進行訪問。另外，如果引導驅動器(也就是C驅動器)使用NTFS檔案系統，就不能使用Flexboot選項，因為DOS系統只能從C驅動器引導，但不能從NTFS驅動器引導。相對WindowsNT來說，它的引導分割槽可以是FAT、NTFS和HPFS。最後它還存在一個問題，那就是即使使用WindowsNT驅動程式，許多備份實用程式在操作NTFS分割槽時仍有問題。
四、高效能檔案系統
OS/2的高效能檔案系統(HPFS)主要克服了FAT檔案系統不適合於高檔作業系統這一缺點，HPFS支援長檔名，比FAT檔案系統有更強的糾錯能力。WindowsNT也支援HPFS，使得從OS/2到WindowsNT的過渡更為容易。HPFS和NTFS有包括長檔名在內的許多相同特性，但使用可靠性較差，也較低階。
上述的4種檔案系統都為Windows所支援。總的來說，使用者可以從檔案系統的能力、檔案系統的安全機制、使用的方便性以及相應的硬體環境等幾個方面來綜合考慮需安裝的檔案系統，單獨選擇其中一種檔案系統或者它們中幾種檔案系統的組合，以使系統工作於最佳狀態。
