向檢驗檢疫機構辦理報檢業務分自理報檢和代理報檢，同時兩種報檢業務對報檢員的知識要求也不一樣。因此從2005年下半年開始，兩種報檢員資格考試開始分離，分別爲自理報檢員資格考試和代理報檢資格考試。
相同點
不管是自理報檢員還是代理報檢員，都要通過國家質檢總局組織的全國統一考試，考試合格者都是由國家質檢總局頒發全國通用的資格證書。兩者在外貿行業中崗位定位都屬於報檢員。
兩者的區別
(一)證書的名稱不同：考試合格者，由國家質檢總局分別頒發自理報檢員資格證書和代理報檢員資格證書。
(二)需求人數不同：截至2005年底，在寧波出入境檢驗檢疫局備案的外向型企業已達8398家，如要真正實施憑證報檢，那麼一家企業至少需要一名報檢員，那麼自理報檢員的需求人數將達到至少8398人。即使05年下半年的自理報檢考試合格900人全部上崗，自理報檢員的需求量還是比較大的。而代理報檢企業只有46家，按規定每家需要10名報檢員計算，總計也只需要460人。需求量差距明顯。
(三)就業範圍不同：取得自理報檢員資格證書的學員可在下列自理報檢單位從事報檢工作：有進出口經營權的國內企業，出口貨物的.生產企業，中外合資、中外合作、外商獨資企業，進口貨物的收貨人或其代理人，進出境動植物產品的生產、加工、儲存、運輸單位，有進出境交換業務的科研單位，其他需報檢的單位等等。而代理報檢
檢務大廳
員可從事的工作範圍相對要狹窄一些，一般就業於報關行、貸代公司和大型的外貿公司。此外，國家對從事代理報檢企業的資格做出很多的規定，這也直接導致代理報檢企業必然始終是佔報檢行業的少數。
(四)准入門檻和政策支持力度不同：2005年12月1日正式實施的中華人民共和國進出口商品檢驗法實施條件規定，辦理報檢業務的人員應當依法辦理報檢從業註冊，並實行憑證報檢。未依法辦理報檢從業註冊的人員，不得從事報檢業務。但，爲滿足自理報檢單位報檢業務需要，國家質檢總局2005年第94號公告規定，自理報檢單位報檢人員所持原有報檢員證使用期限延長至2006年6月30日。爲了保證政策的嚴肅性和權威性，也爲了讓企業儘快找到合適的人才，在“保障需求，控制總量”的前提下，國家對自理報檢員的准入門檻有所降低，而代理報檢員相對於自理報檢員來說，個人的知識層次要求更高，業務知識範圍要求更廣，考試難度也將會進一步加大。
