1、建立專門的水污染治理機構
目前，我國的水污染治理涉及到水利、環保、海事、交通、公安等多個部門，這些部門之間往往職權交叉、缺乏溝通，這會導致我們在治水時責任不明，行動不力。所以，我們應該建立一個專門的水污染治理機構，讓該機構將各部門的相關職能協調統一起來，在治理水污染的過程中統一管理，統一指揮。同時，該機構還可以在平時針對水污染事件編制應急方案，管理調用資金和治水裝備，組織專家隊伍，訓練專門人員。這樣，當水污染事件發生時，該機構就可以以最快的速度組織人員進行緊急處理。
2、建立因地制宜，靈活有效的城市污水治理模式
中國污水治理的總體思路，概括而言就是："每個城市（縣鎮）建立一個污水廠"。用管網將全城的污水收集到污水廠，集中處理之後，排入江河湖海。這就是"集中式"污水處理思路。但是，這種方法成本太高，現階段中國的經濟實力還不足以支撐。要解決這一問題，就要發展循壞經濟，提倡水資源的循環利用，提倡污水的分散處理、分散利用、就近處理、就近利用。分散處理的好處是容易做到污水成分單一，處理工藝流程相對容易，風險分散，安全性高，不會出現牽一髮而動全身的現象，而且節約管網，節省了大量投資。進行水環境功能分區，根據水環境的現行功能和經濟、社會發展的需要，依據地面水環境質量標準進行水環境功能區劃，是水源保護和水污染控制的依據。例如，地面水環境質量標準將水域按功能分爲五類：
I類主要適用於源頭水，國家級自然保護區；
Ⅱ類主要適用於集中式生活飲用水水源地一級保護區，珍貴魚類保護區、魚蝦產卵場等；
Ⅲ類主要是用於集中式生活飲用水水源地二級保護區，一般魚類保護區及游泳區；
Ⅳ類主要適用於一般工業用水以及人體非直接接觸的娛樂用水區；
Ⅴ類主要適用於農業用水區以及一般景觀要求水域。然後按功能區控制污染，保護水資源。
首先，按照水域功能劃定保護級別，提出控制水污染的要求。例如：對特別保護水域，是國家《地面水環境質量標準》（GB383888）中的Ⅰ、Ⅱ類水域，不得新建排污口，現有的排污單位由地方環境部門從嚴控制，以保證受納水體水質符合規定用途的水質標準。其次，按照功能區實行總量控制。所謂總量控制是指爲了保持某環境功能區的環境目標值，所能容許的某種污染最大排放量。所以，水環境功能區劃是實施水污染總量控制的依據。
3、加強城市規劃，統籌城市污水治理基礎配套設施建設
城市基礎設施建設應該統籌規劃，堅持城市污水處理廠與城市廢水收集管網建設同步進行。無論是老城改造還是新城建設，目前的關鍵任務之一，就是儘快普及和健全城市排水管網系統，尤其是污水管網，以便有效地發揮污水處理設施的作用。新建衛星城鎮、經濟開發區的排水管網及污水處理廠還應與城市其他基礎設施同步配套建設。同時，應編制城市排水系統規劃，納入城市環境綜合治理規劃和城市建設總體規劃，與經濟建設和城市建設同步發展。污水處理廠與城市景觀、人工溼地等結合，提高處理的深度並降低處理成本。與此同時，還要轉變管網投入的觀念，改變一些城市雨污合流管網的狀況，推行雨污分流，更好地治理污水。
4、運用經濟手段，加快城市水污染防治的市場化進程
目前，作爲促進污染防治重要手段的排污收費制度，還很不成熟，存在着收費標準過低，不能發揮刺激污染防治作用的問題。我們應該深入推行污水處理收費制度，加快水價改革的步伐，建立有利於促進企業加強成本控制和改善經營的水價形成機制，界定污水處理企業成本覈算的'範圍。對收取的污水處理費實行專款專用、滾動使用，採取有效措施，確保城市污水處理設施的正常運營和建設貸款及債券本息的償還。對小城鎮及西部地區污水處理設施建設給予資金傾斜；對各地收取的污水處理費，免徵增值稅；對城市供水和污水處理工程所購置的設備可加速折舊。針對城市主要是生活污水排放，應該堅持誰收排污費誰治理的原則，把企業治污歸爲污水處理廠和社會專業公司治理，排污單位不直接參與，付費即可。
5、將污水資源化，實現多級利用
污水資源化處理是當今世界性節水、治污的潮流，污水已被視爲一種資源、當作第二水源看待。許多發達國家的城市都修有彙集污水的專用管路，污水經過二級處理達到規定的水質標準後，即用於工廠冷卻、除渣、滅塵、城市綠地及農田灌溉。從目前世界各國的發展動態來分析，污水資源化必將成爲一種很有前途的事業。
6、生態工程與環境工程相結合，技術措施要與管理措施相結合
利用生物治理技術，設計合理的工業鏈和合理的工業用水循環等都是有效的生態工程。但要與環境工程相結合才能發揮更大的作用。
在規劃、評價的基礎上選定技術方案可以避免盲目性；技術方案實施後只有加強管理，才能使技術措施正常運行，獲得良好的效益。
7、完善相關法律法規，依法遏制水環境惡化
加快修訂相關法規，對水污染防治的責任主體、規劃編制、功能區劃、總量控制、水質檢測、信息發佈等做統一明確的界定。進一步完善水污染物排放標準，提出統一的水質量標準和要求，使污染物排放標準與其水環境功能區質量標準掛鉤。同時還要制定相關的環境政策法規，規範政府在水污染防治工作中的職責。努力解決“守法成本高、違法成本低”問題，強化水污染防治責任，避免“一刀切”式的處罰標準；進一步加大對違法行爲的處罰力度，充分發揮法律強制作用。
8、確立統一管轄制，杜絕地方保護主義
確認對所有“中國境內水域”的唯一管轄權，並且明確留給及政府的任何權利都只是一種委託性質的權利，而且如果哪個地方政府未能按照要求做好落實和執法工作，委託給他的權力就可以收回。要求各級政府制定特定的，可衡量的排放限制許可標準，嚴格的，數據對公衆公開的報告制度及對違規行爲的實質性懲罰。此外，允許中央法院審理涉及水環境污染的問題。法院越具有地方性，就越有可能做出偏向於地方的權衡。而中央法院由於更具有全國性的視野，相對而言就不會像地方法院那樣只考慮當地的經濟發展而不顧及整個地區或國家的利益。
9、建立強有力的跨區域流域水環境保護監督機制，鼓勵公民參與監督
水污染問題，由於水自身具有流動性，不受行政轄區界限的限制，往往表現爲跨區域污染，而我國目前還缺乏的跨流域水污染防治機制，水資源分級的分割管理始終難以有效實現對城市水污染的控制。硬性的把流域劃分成多個區域，導致許多地方從本轄區的經濟利益出發，不顧及下游的用水需求，容易產生“地方保護主義”，水資源管理缺乏系統性和全局性。另外，只有平常百姓自願並有機會參與到立法和執法過程當中來，才能使各種治水方案行之有效。可以像美國一樣推行公民訴訟條款。當個體公民能夠證明環保許可證的有關條款並未得到落實，也即承擔環保執法責任的機構未能履行其職責，如果要求法院給予這些個體公民名分，那麼他就能夠更有效地促使這些機構履行自己的職責。通過這一個簡單的條款，那些關心自身環境狀況、身體健康以及子孫未來的公民會在有秩序的行政系統下面，在她們關注的範圍內採取行動。
10、加強宣傳，推動城市居民養成節約用水和循環用水的習慣
在城市工業用水和生活用水的方方面面，提高水的利用率，加強水危機的宣傳工作，使循環用水的意識深入人心，形成人人愛護水，時時處處節水的局面。開展廣泛的宣傳教育，提高公衆對開發和保護水資源的認識。
