隨着縣鄉級機構改革的臨近以及大量鄉鎮企業的改制、產權轉讓，鄉鎮審計面臨着前所未有的挑戰。一方面，社會主義市場經濟體制的確立，鄉鎮企業的迅猛發展，迫切需要鄉鎮審計充當經濟衛士;另一方面，鄉鎮審計的法律地位長期得不到解決，以及即將開始的政府機構的精兵簡政，已使鄉鎮審計處於較爲困難的境地。形勢的發展迫切要求我們正視鄉鎮審計面臨的困境，及時採取有效措施，加強鄉鎮審計工作。
1.採取地方“小立法”，確立鄉鎮審計的'地位
鄉鎮審計的主管部門雖然不是縣級審計部門，但唯有縣級審計部門穿針引線、至上而下，方能取得事半功倍的效果。首先是積極爭取縣(市)政府領導的重視和支持，大力宣傳建立鄉鎮審計制度的必要性和可行性及兄弟縣市成功的經驗和做法，取得領導的首肯。其次要加強與人事編制管理部門的工作協調，主動爭取他們的參與和配合。爲儘量避免與政府機構精簡之衝突，除審計所長系政府正式編制外，其餘人員中則按照“公開、平等、競爭、擇優”的原則，面向當地社會招聘，人員性質爲集體事業編制。經費來源主要是自收自支，即通過幫促服務適當收取費用，鎮(鄉)政府也可依據鄉鎮審計人員年度審計項目數，查出違紀金額，以及爲企事業單位挽回經濟損失，促進增收節支等指標給予相應的經費補貼。另一種方式是依據審計法第十條關於審計機關可以在其管轄的範圍內派出審計特派員的規定在各鄉鎮設立派出機構，所需經費在審計收繳返還款中解決。
2.加強指導，力促鄉鎮審計規範運作，人員素質不斷提高
由於鄉鎮審計人員的業務素質參差不齊，要保證鄉鎮審計工作的健康順利發展，就必須採取有效措施，切實抓好審計人員的業務培訓，着力提高審計人員的業務素質。培訓要本着堅持突出重點，聯繫實際，注重實效的原則，可以採取集中培訓，以審代訓，以會代訓等形式。多年的實踐證明，經常性地堅持例會制度，定期或不定期地開展培訓，既能鼓舞鄉鎮審計人員的士氣，又能較大程度地提高其審計業務素質。
縣(市)級審計機關還要着力幫助各鄉鎮審計機構抓好審計業務制度建設，可結合新審計準則，制定諸如《鄉鎮審計工作程序》、《鄉鎮審計文件材料立卷歸檔辦法》、《鄉鎮審計檔案管理辦法》、《審計資料報送制度》、《鄉鎮審計綜合考覈辦法》等等一系列規章制度。同時，將審計機關的有關廉政建設方面的規定、審計人員崗位守則等一併下發貫徹執行，以促使鄉鎮審計規範運作，有章可循。
3.調整審計對象，轉換鄉鎮審計的重點和工作思路
隨着大量鄉鎮企業的成功改制，現階段鄉鎮審計工作的重點，須及時轉移，一些人錯誤地認爲：由於大部分企業都改爲私營，因而鄉鎮審計現在是無事可幹了。而實際上，鄉鎮審計仍然還有大量的工作要做。一是要繼續深化鄉鎮企業審計，實現由“監督型”向“服務型”轉變，即對已全面改製爲私營企業的，要主動上門服務，幫助企業進行成本分析，規範成本覈算，完善成本定額，對企業經營管理各環節開展內控制度測試，幫助尋找失控點和薄弱環節。同時對由集體資產控股的企業進行審計監督，以維護集體資產的安全完整和保值增值。二是開展村級財務收支審計，可結合村務公開、減輕農民負擔等方面工作，加強對村級經濟的審計力度。三是在鎮政府授權下開展對鎮屬事業單位的審計，通過檢查其財務收支的真實、合法、效益情況，促進預算內、外資金的規範管理。四是積極嘗試固定資產投資審計，鑑於鄉鎮審計力量及經驗的欠缺，可採取與中介機構聯合審計的辦法，既可彌補自身的不足，又可與中介機構分享審計服務費用。五是根據黨委、政府的計劃和要求，每年度開展對企事業單位法定代表人經濟責任審計。開展企事業單位法定代表人任期經濟責任審計，既是一項艱鉅的且容易得罪人的工作，同時又是一項容易提高審計地位挖掘審計價值的工作，必須認真對待，作爲指導部門的審計機關，也有義務從審計方法、審計程序、審計評價、審計意見和建議等重要環節加以具體指導與幫助。
鄉鎮審計幾經風雨，幾經坎坷，需要社會各界的關心理解和支持，更需要審計部門的精心呵護，籍此縣鄉級政府機構改革方案尚未正式出臺之際，審計機關應義不容辭地和鄉鎮黨委、政府一道爲鄉鎮審計的發展盡力。
