我國物流企業在稅收方面存在的問題主要有：營業稅存在重複納稅、物流企業綜合稅負偏高、所得稅屬地繳納與現代物流業跨區域發展不符、資源整合中很難取得合法運輸發票、物流企業自開票納稅人資格較難認定與額度有限制、物流活動中土地使用費較高。
一、物流企業稅收現狀及存在問題
物流企業是這樣一種經濟組織，它從事的是對物質的運輸或倉儲工作，並且根據客戶的需求，對運送、裝卸、儲存等進行組織和管理，它有着一定的信息管理系統與自己的業務相適應，能夠獨立覈算以及獨立承擔民事責任。經過幾十年的改革，我國物流企業在稅收方面確實取得了一些成就，改善了我國物流業的發展環境，但是我們要清楚地看到存在的問題。經濟全球化日益加強，我們物流業在這樣一個大環境下，要想實現自己更好的發展，就需要有利的稅收政策環境。所以要充分發揮稅收管理的經濟調節功能，建立符合我國物流業發展的稅收管理體系。我國物流企業在稅收方面存在的問題主要有：
(一)營業稅方面存在重複納稅在我國，重複納稅是物流業稅收方面最嚴重的問題，非常不利於我國物流業的健康有序發展。而且在物流配送、倉儲租賃等方面重複納稅顯得尤爲嚴重。
(二)物流企業的綜合稅偏高我國物流業是微利行業。據統計，我國物流企業的毛利大都在4%~6%，而且稅後純利也只是1%~3%，這麼低的一個利潤率很難保證資金的積累，物流企業也就很難生存下去，很顯然這非常不利於我國物流業的發展。
(三)所得稅繳納制度與現代物流業跨區域發展不符現代物流企業的服務範圍覆蓋很多個區域，而這些區域各自的情況又不同，常出現一個集團內部分公司盈利而另外一部分的公司虧損。目前我國實施的是屬地繳納企業所得稅的制度，而很多企業又都是集團型的，它們無法做到內部之間盈虧互補，這就無形之中加重了企業的稅收負擔。
(四)資源整合中很難取得合法運輸發票如果按照現行的發票管理規定來執行的話，那麼物流企業所僱用的個體戶司機就很難取得到相應的發票。爲此，部分個體戶車輛會掛靠到其他運輸公司。而由於個體車輛提供的大都是臨時性運輸服務，所以無法完整地向該公司報銷自己付款的發票。如果該公司給這些個體戶司機開出了發票支出，而他們的車輛又不能被納入該公司的核算，那麼這些支出就成了沒有實際收入來彌補的.發票支出，這就給公司的財務造成一定的壓力。
(五)物流企業自開票納稅人資格較難認定與額度有限制我國物流企業經常使用的發票是貨物運輸業發票，按照相關規定，要開具這樣的發票，需要物流企業擁有自己的車輛，而且只有用自己所擁有的車輛運輸貨物取得收入才能夠有資格。很明顯，這就必然使得那些只是通過整合社會資源進行物流配送服務的企業喪失了自開票納稅人的資格。這種規定已經不能適應我國現代物流業發展的需要。而且在自開票納稅人的認定中額度限制和屬地限制也制約了行業發展。
(六)物流活動中土地使用費較高在物流活動中，倉儲等基礎設施的建設與使用是構成整體物流服務過程的重要組成部分。由於這些基礎設施直接關係到社會經濟發展和民衆生活，因此具有一定的公益性，與其他產業有着根本的不同，所以物流活動中土地使用稅不應該很高，以免給低盈利的倉儲型物流企業造成財務壓力。
二、解決建議
針對物流企業稅收方面所存在的上述問題，筆者借鑑國外發達國家的成功經驗，以及結合物流產業的發展需要，提出了以下解決建議：
(一)物流外包業務營業稅採取差額納稅我國物流外包業務發展迅速，而且對社會物流資源的整合度也逐漸加大，所以筆者認爲對於物流企業外包業務的營業稅，應該劃定新的營業稅計徵基數，採取差額納稅。物流企業採用外包的方法，將在運輸、倉儲、包裝等業務過程形成的成本當做抵扣部分。
(二)設計物流行業專用發票在現代物流的稅制改革中，由營業稅轉向消費型增值稅已成不可逆轉的趨勢，但仍需較長一段時間。由於現階段使用的仍是營業稅稅制，所以要想有效解決綜合性物流企業增值稅發票的抵扣問題，降低物流成本，筆者認爲整合與物流業務相關的各類現有發票，設計和推出統一的物流行業專用發票，是一種很不錯的方式。如果推出這樣一種發票，那麼不僅滿足了物流活動的一體化運作需要，還便於企業操作和稅務徵收。
(三)統一計算與繳納所得稅現代物流企業的經營呈現網絡化，爲了簡化操作，降低納稅人的成本，筆者認爲物流企業應該的所得稅統一申報繳納，取消跨省市機構的“就地預繳”。統一繳納所得稅不僅有助於現代物流企業充分發揮其發達運送網絡的優勢，而且還有利於促進大型運輸網絡的建造。
(四)增加發票認證功能貨運發票抵扣營業稅的計稅依據沒有進行認證導致納稅者和稅收部門不容易識別貨運發票的真假。筆者認爲依靠全國貨運稅收控制系統，增加貨運發票認證功能，在部分成本抵扣前對貨運發票進行認證管理，同時爲納稅人在網上開放貨運發票查詢功能，從而解決假票問題。
