慢性腎盂腎炎是細菌感染腎臟引起的慢性炎症，病變主要侵犯腎間質和腎盂、腎盞組織。由於炎症的持續進行或反覆發生導致腎間質、腎盂、腎盞的損害，形成瘢痕，以至腎發生萎縮和出現功能障礙。患者可能僅有腰痠和(或)低熱，可沒有明顯的.尿路感染的尿痛，尿頻和尿急症狀，其主要表現是夜尿增多及尿中有少量白細胞和蛋白等。病人有長期或反覆發作的尿路感染病史，在晚期可出現尿毒症。
慢性腎盂腎炎診斷鑑別可依據：①尿路感染病史在1年以上，而且持續有細菌尿或頻繁複發者;②經治療症狀消失後，仍有腎小管功能減退者(如腎濃縮功能差、尿比重低、酚紅排泄率下降等);③X線造影證實有腎盂腎盞變形，腎影不規則甚至縮小。若缺乏這些明顯的證據，要確診則比較困難。慢性腎盂腎炎還須與下列疾病相鑑別：
(一)腎、泌尿道結核
腎、泌尿道結核是結核桿菌引起的腎臟和泌尿道感染。症狀、體徵、尿改變都可與慢性腎盂腎炎相似，其區別點是腎、泌尿道結核時尿路刺激症狀明顯，尿沉渣塗片可找到抗酸桿菌(要除外尿垢桿菌污染)，尿普通細菌培養陰性而結核桿菌培養陽性，尿亞硝酸還原試驗陰性。
X線檢查有時可見腎區有結核病竈鈣化影或有蟲蝕樣組織缺損區(乾酪壞死竈)。部分腎結核患者可找到肺、腸及腹腔、骨、前列腺、副睾或盆腔結核病竈。
(二)尿道綜合徵(UrethralSyndrome)
是女性常見的下尿路疾病，有明顯的尿頻、尿急、排尿困難等尿路刺激症狀，但多無全身表現，無腰痛、無上輸尿管點、肋腰點壓痛，無腎區叩痛，中段尿檢查白細胞數不增多或稍增多(一般<10個/HP)多次尿細菌培養菌落數<10×107/L(105/ml)，症狀經2-3天后逐漸消失，但卻容易復發，該綜合徵有一部分可能爲病原體感染，另一部分可能爲非感染性疾病。
(三)慢性腎小球腎炎
慢性腎小球腎炎無明顯尿路刺激症狀，尿沉渣中白細胞數增多不明顯，無白細胞管型，尿細菌檢查陰性，而尿蛋白含量較多，易引起低蛋白血癥，腎小球功能損害較明顯。腎盂腎炎的尿蛋白量較小，一般在1-2g/24小時以下，而腎小管功能損害較明顯。根據這些特點，兩者鑑別不難。但晚期病例兩者皆可以尿毒症爲主要表現，鑑別有時困難，特別當慢性腎小球腎炎合併尿路感染時，更是如此。這時需詳詢病史和過去表現。結合兩病各自的臨牀特點，加以分析、才能判定。若是慢性腎小球腎炎合併感染，經過治療將感染控制後，腎小球腎炎的特點可明顯地表現出來。
(四)其它
在急性腎盂腎炎或慢性腎盂腎炎急性發作而以血尿爲突出表現者，當血塊通過輸尿管時，可引起腎絞痛，這時須與泌尿道結石鑑別，通過詢問病史，尿細菌學檢查，必要時作腹部X線照片或靜脈腎盂造影，可鑑別。
