如果急性腎盂腎炎診斷、治療及時，則很少出現併發症。併發於有潛在腎臟病或尿路畸形的.急性腎盂腎炎的預後相對較差，而且致病菌常有耐藥性，如不去除腎結石，尤其是合併感染的結石，否則腎盂腎炎難以控制。併發於尿路梗阻的感染也很難治癒，常演變爲慢性過程，並可導致菌血症。
急性腎盂腎炎最嚴重的併發症是中毒性休克。產氣型腎盂腎炎是一種很少見但可致命的腎盂腎炎，通常見於糖尿病患者，由致病菌(常是大腸桿菌的某一菌株)釋放氣體進入感染組織所致。
在得到充分治療後，又無其他腎臟疾病或尿路畸形，急性腎盂腎炎通常可痊癒，並不引起腎臟瘢痕或持續性腎臟損害，相反在腎臟未完全發育成熟的嬰幼兒，尤其是併發於腎臟疾病或尿路畸形的急性腎盂腎炎，常引起持續腎臟損害和瘢痕。
