一、熱性蛋白尿
在急性感染髮熱期間，病人可出現蛋白尿、管型尿或鏡下血尿，極易與不典型或輕型急性腎小球腎炎相混淆。但熱性蛋白尿沒有潛伏期的階段，無水腫及高血壓，熱退後尿常規迅速恢復正常。
二、慢性腎小球腎炎急性發作
慢性腎小球腎炎常在呼吸道感染後2-4天出現急性發作，其臨牀表現及尿常規變化與急性腎小球腎炎相似，但慢性者既往有腎炎的病史，可有貧血、低蛋白血癥、高脂血症，血清補體濃度多正常偶有持續性降低，尿量不定而比重偏低。據此進行鑑別並不困難，對有些病例能明確是急性或慢性腎小球腎炎，除了腎穿刺進行病理鑑別診斷之外，臨牀上可根據病程和症狀、體徵及化驗結果的`動態變化來加以判斷。
三、急性風溼病
急性風溼病以腎臟病變爲突出表現者稱爲風溼性腎炎，肉眼血尿極少見，常有鏡下血尿，尿蛋白少量至中量，血壓一般不高，往往同時具有急性風溼熱的其他表現，抗風溼治療後尿蛋白明顯好轉，但鏡下血尿持續時間較長。
四、過敏性紫癜腎炎或系統性紅斑狼瘡(SLE)性腎炎
過敏性紫癜或系統性紅斑狼瘡腎炎均可出現急性腎炎綜合徵，但這二者多有明顯皮膚、關節改變。過敏性紫癜束臂試驗陽性。紅斑狼瘡可找到紅斑狼瘡細胞，抗DNA抗體及抗核因子陽性。SLE往往伴有發熱，因此只要詳細詢問病史及有選擇性全面檢查可以區別。必要時可做腎活檢鑑別。
