醫院建立財務內部控制監督檢查制度，設立監督檢查機構及組織相關人員對本單位財務會計內部控制制度的建立健全及實施進行評價，對財務會計內部控制中的重大缺陷提出書面報告，對發現的問題和薄弱環節，要採取有效措施，改進和完善內部控制制度，並定期、不定期的對內部控制制度的執行情況進行監督檢查，以確保財務內部控制制度的有效執行。
一、預算控制的監督檢查
主要內容包括：
1.醫院財務是否建立嚴格的預算編制制度。是否執行單位的一切收入、支出必須全部納入預算管理的制度。
2.所編制的預算是否堅持以收定支、收支平衡、統籌兼顧、保證重點的原則，是否科學合理。
3.是否按已編制的預算組織收入、安排支出。
4.對預算執行中的問題，是否做出科學、客觀地分析並採取了改進措施。
二、收入控制的監督檢查
主要內容包括：
1.各項收入的取得是否符合國家的有關法律和政策規定。所取得的各項收入是否由財務部門統一覈算、統一管理，是否設立帳外帳和“小金庫”。
2.收款環節的崗位分工和授權批准情況：重點檢查崗位設置是否合理，是否存在一人兼任兩個不相容崗位的現象。
3.票據管理員是否按規定管理收入票據，有無私自印製、票據遺失等現象。
4.檢查收款票據的使用情況，票據管理員是否按要求發放、登記，跟蹤收款票據使用的整個環節，收款員是否按票據收款額交款、出納員是否及時下帳等事項。
5.門診收款員、稽覈員、出納員是否按規定的收款程序和要求進行工作，有無不按規定辦理的現象。
6.檢查各位收款人員是否將當日所收的款項交給出納員或醫院指定的銀行收款員，有無不及時交款或不交款現象。
7.檢查稽覈員是否進行認真稽覈，檢查門診收款員使用的自費收據、微機收據、預收金等收據的請領、返回情況，檢查門診、住院退費是否合理、所附憑證是否完整及退費審批情況。
8.檢查預收金明細帳登記情況，是否及時準確的將發生的預收金收支入帳，月末是否準確的合計預收明細餘額並與總帳金額覈對。
三、支出控制的監督檢查
主要內容包括：
1.與付款業務有關的崗位的設置情況：是否按不相容職務相分離的原則設置。
2.付款程序是否準確，手續是否齊全，是否存在越權審批現象。
3.各項支出是否符合國家法令法規，是否嚴格執行審批程序，付款原始收據是否真實、合法、有效，記帳憑證的填寫是否完整、準確。
四、貨幣資金控制的監督檢查
主要內容包括：
1.貨幣資金業務相關崗位及人員的設置情況：重點檢查是否存在貨幣資金不相容職務混崗的現象。
2.貨幣資金支付授權批准制度的執行情況：重點檢查貨幣資金支付授權批准手續是否健全、是否存在越權審批行爲。
3.銀行預留印鑑的保管情況：重點檢查是否存在辦理付款業務的全部印章交由一人保管的現象。
4.銀行結算票據的管理情況：重點檢查票據的購買、領用、保管手續是否健全，票據管理是否存在漏洞。
5.不定期檢查庫存現金的帳實相符情況，抽查銀行對帳單、銀行日記帳、銀行存款餘額調節表，覈對是否相符。
6.貨幣資金收入支出是否取得合理合法的憑據，收入支出是否及時準確下帳，單位科室是否設置“小金庫”。
五、藥品、庫存物資控制的監督檢查
主要內容包括：
1.藥品、庫存物資保管、覈算崗位設置及人員配備的情況：是否存在由一人兼任不相容職務的現象。
2.藥品、庫存物資的採購是否遵照國家相關規定，是否公開透明，驗收入庫手續是否齊全，是否存在無實物的驗收入庫行爲。
3.藥品、庫存物資出庫制度的執行情況：重點檢查出庫單是否填寫詳實、出庫手續是否齊全。
4.藥品、庫存物資盤點制度的執行情況：重點檢查物資管理部門是否定期進行盤點，盤點出實物與帳簿不符的情況是否查明原因，並採取相應的措施進行處理，是否存在物資損壞、長期積壓而未採取處理措施的現象，對藥品、庫存物資的盤盈、盤虧、毀損的處理程序是否完備。部門明細會計是否每月與財務科總帳進行覈對，對帳情況如何，對於不相符的帳目是否按財務制度進行調整處理。
六、固定資產控制的監督檢查
主要內容包括：
1.固定資產的購置、大修理、盤盈、盤虧、毀損報廢、閒置、有償轉讓等環節的會計覈算是否執行國家有關法律法規和醫院會計制度，固定資產技術改造、大修理替換下來的材料零部件是否存在越權處置或處置不當的情況。
2.固定資產明細會計是否定期與財務對帳，對帳情況如何，固定資產檔案管理是否完整、規範，檔案與實物是否相符。
3.閒置的固定資產是否已由供應科固定資產管理人員進行封存管理，並定期進行養護。
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