經過調研和認真分析，目前農村基層黨的建設工作存在的突出問題以及問題的成因有以下幾個方面：
(一)農村黨建工作缺乏強有力的經濟支撐，黨組織缺少活力。農村稅費改革後，農民負擔得到減輕，政府收入相應減少，鄉鎮收支缺口較大，需要上級政府下拔轉移支付資金彌補缺口，維持各項工作運轉。在有限的辦公經費面前，鄉鎮往往確保公共行政性支出，壓縮甚至凍結黨建辦公經費支出。對於鄉鎮公共行政性支出，上級下發了明確具體的配套性文件，可以列入年初財政預算，而農村黨建工作經費支出上面沒有明確的配套文件，只能擠佔鄉鎮辦公經費支出預算，杯水車薪，自然制約了黨建工作正常開展。
(二)一些合併鄉鎮的幹部對工作面的增加和新職能的確立還不夠適應。合鄉並鎮後，鄉鎮黨政班子成員中有不少人交叉任職，一人多職。有的鄉鎮黨政班子成員減到4—5人，有的幹部身兼2—3職，管理7—8攤，使鄉鎮領導班子職數大大下降。從理論上講，職能交叉，一人多職，是精簡幹部的好途徑、好辦法，既精簡了職數，又減少了支出，提高了工作效率。但是個別鄉鎮沒有真正理解減人增效的意義，做法簡單，作風膚淺，不能很快適應工作職能的轉變，所以合併後的部分鄉鎮在減人增效方面沒有顯現出來，反而有降低工作效率的趨向。
(三)黨員幹部培訓教育不夠、素質下降，影響農村發展和穩定。稅費改革前，鄉鎮一般作出規定，農村黨員和村幹部教育培訓經費，由各村社負擔，兩項培訓費都上交鄉鎮黨委或市委黨校，由黨校統一安排教育培訓。而改革後，村社收入減少，培訓開支壓縮，黨委或黨校舉辦培訓班的資金主要來源被切斷，最關鍵的是鄉鎮財政預算沒有將對農村幹部、黨員、入黨積極分子的教育培訓經費列入，造成黨員幹部教育培訓工作無法正常開展。教育培訓的`力度不夠，造成了黨員幹部的素質下降。
同時，黨員的教育、管理、發展與黨員隊伍實際不相適應。一是青年黨員發展對象後繼乏人。近年來，隨着經濟、文化、社會的轉型，入黨積極分子數量漸趨下降。青年新生力量處於分散、流動狀態，黨組織難於對他們開展有效的教育和培養。二是流動黨員缺乏有效管理。許多農民黨員外出務工經商，長年不歸，不學習、不過組織生活，地方黨組織在管理上缺少有效措施。三是黨員年齡嚴重老化，難以發揮先鋒模範作用。
(四)黨支部活動難開展，黨組織缺乏凝聚力。稅費改革後，每個村只能維持村社幹部工資，村級辦公經費緊缺，村黨支部沒有足夠的組織活動經費，出現了三個不夠：一是熱情不夠。感到支部越來越沒有幹頭，黨建活動越來越沒有抓頭，村支部被緊缺的經費捆住了手腳，想出了路子，卻邁不開步子;想辦的事很多，辦成的卻不多;有心辦事，有人辦事，卻無錢辦事;黨建經費只能從村“辦公經費”中擠，而往往又擠不出多少經費來。因此，基層黨組織特別是村黨支部感覺到村級黨建可抓可不抓的錯誤信號，有的村支部乾脆不抓了。二是精力不夠。稅費改革後的村支部由於與村委會“雙向進入，交叉兼職”，同時還有部分村幹部兼任社幹部，就把主要精力放在村級事務上，搞“一邊倒”，認爲村級事務有硬性經費投入，有錢辦，能摸得着，看得見，容易出政績，而不願去幹無錢投入，難見成效的黨建活動。三是活動開展不夠。有的村在稅費改革後，黨組織成爲沒有活力的“三不支部”：不開展黨組織活動、不培訓教育黨員、不發展新黨員。
(五)沒有建立起長效機制，黨建工作動力不足。目前看一些大多數基層黨組織對黨建工作還抱着可有可無，可抓可不抓的思想認識;還處在想起來就抓一下，想到哪就抓到哪的階段，沒有形成制度性、規律性的東西。對一年的黨建工作謀劃，支部負責人心裏沒數，肚裏沒譜，不知道該怎樣抓。沒有了規劃和機制，黨建工作就如同迷失了方向的航船，不知道何去何從。這也是農村基層黨組織普遍存在的問題。歸結起來原因還是各級黨委對黨建工作重視的力度不夠，投入的精力、人力、財力、物力都不夠，使之成了擺設性的東西。
