集裝箱基本運費計收，採用班輪公司的運價本或船公司的運價本。一般按航線、貨種和箱型，定有集裝箱貨物運價本。對整箱貨採用包箱費率的形式，即對具體航線實行分貨種和箱型的包箱費率或不分貨種只按箱型的包箱費率。而對拼箱貨，則按貨物品種及不同的'計費標準計算運費。
集裝箱運費之附加費
除基本運費外，集裝箱貨物也要加收附加費。附加費的標準根據航線、貨種不同而有所不同的規定。常見包箱費率表中，目前列有下列幾種附加費目：
①、超重、超長、超大件附加費;
②、半危、全危、冷藏貨附加費;
③、選擇或變更目的港附加費;
④、轉船附加費;
⑤、港口附加費和擁擠附加費;
⑥、其他附加費。
集裝箱運輸費用構成
(1)、整箱/整箱：裝港拖箱費+碼頭操作費+運費+卸港碼頭操作費+拖箱費。
(2)、整箱/拼箱：船公司提供的拖箱費+碼頭操作費+運費+拆箱費。
(3)、拼箱/拼箱：裝箱費+運費+拆箱費。
(4)、拼箱/整箱：裝箱費+運費+碼頭操作費+船公司提供的拖箱費。
2、運輸費用計算方式
(1)、包箱費率：以每個集裝箱爲計費單位，常見3種包箱費率。
FAK包箱費率。即對每一集裝箱不分貨類統一收取的費率。
FCS包箱費率。按不同貨物等級制定的包箱費率。貨物等級也是1~20級，但級差較小。一般低價貨費率高於傳統運輸費率，高價貨則低於傳統費率;同一等級貨物，實重貨運價高於體積貨運價。
FCB包箱費率。既按不同貨物等級或貨類，又按計算標準制定的費率。同一級費率因計算標準不同，費率也不同。如8~10級，CY/CY交接方式，20英尺集裝箱貨物如按重量費爲1500美元，如按尺碼計費則爲1450美元。
(2)、最低運輸費用方式
規定最低運費等級。有公司規定以7級貨爲最低收費等級，低於7級貨均按7級收費。
規定最低運費噸。如遠東航運公司規定，20英尺箱最低運費噸實重貨爲17.5噸，尺碼貨爲21.5立方米，W/M/爲21.5運費噸。
規定最低箱載利用率。
(3)、最高運輸費用方式
規定最高計費噸。如在貨物體積超過集裝箱通常載貨容積時，仍按標準體積收費。若按等級包箱費率計費，而箱內等級不同時，則可免較低貨物等級的運費。
規定最高計費等級。不高於該貨物等級的貨物，均以規定的最高計費等級收費。
