絕大多數的自然災害中，都可能造成飲用水供應系統的破壞，這將是災害發生後首當其衝的問題，常在災害後早期引起大規模的腸道傳染病爆發流行。
在水災發生時，原來安全的飲用水源被淹沒，被破壞，或被淤塞，人們被迫利用地表水做爲飲用水源。這些水往往被上游的人畜排泄物，人畜屍體，以及被破壞的建築中的污物所污染。特別是在低窪內澇地區，災民被洪水較長時間圍困，更易引起水源性的爆發流行。
在地震時，建築物的破壞也會累及供水系統，使居民的正常供水中斷。這對於城市居民的影響較爲嚴重。而且由於管道的破壞，殘存的`水源極易遭到污染。海嘯與風災時也可能發生這種情況。
旱災時，由於許多飲用水源枯竭，造成飲用水源集中。在一些易於受災的缺水地區，居民往往需要從很遠的地方取得飲用水。一旦這些水源受到污染，將會造成嚴重的爆發流行。
在一些低窪鹽鹼地區，水旱災害還會造成地下水位的改變，從而影響飲用水中的含鹽量和pH值。當水中的pH值與含鹽量升高時，利於霍亂弧茵的增殖。因而在一些傳統霍亂老疫區，常會因水旱災害而造成霍亂的再發，並且有時延續較長時間。
