由於分類的依據不同，分類方法也各異：
①根據抗原的免疫原性可將其分爲完全抗原和半抗原(包括複合半抗原和簡單半抗原)。既具備免疫原性又具備反應原性的物質如細菌、病毒、動物血清等爲完全抗原;只具備反應原性，不具備免疫原性的物質爲半抗原，如某些藥物、寡糖、核苷酸等小分子化合物;
②根據抗原的.來源可將其分爲外源性抗原(來自體外物質)和內源性抗原(來自機體本身);
③根據與淋巴細胞的關係可將其分爲胸腺依賴性抗原和非胸腺依賴性抗原。前者在刺激B細胞產生抗體時，必須有T細胞協作。自然界中的多數蛋白質，以及含有多樣化抗原決定簇的抗原，如紅細胞、血清蛋白質、細菌等均屬此類抗原，所產生的抗體大多是IgG.後者直接刺激B細胞產生抗體，無需T細胞參加。這類抗原在結構上的特點是：有一定密度的重複出現的抗原決定簇(如大腸桿菌脂多糖、右旋糖酐等)，所產生的抗體大多是IgM;
④根據抗原的化學組成可將其分爲蛋白質、脂蛋白、脂多糖、多糖、糖蛋白、多肽、核酸等抗原;
⑤根據抗原的形成方式可將其分爲天然抗原、結合抗原(沒有免疫原性的半抗原通過化學方法結合在某種載體蛋白分子上)和合成抗原(用化學方法將某些氨基酸或核苷酸連起來而形成的原)。
結合抗原主要用於研究免疫反應的特異性和免疫應答的機制，合成抗原主要用於研究免疫原性的分子結構。的特異性和免疫應答的機制，合成抗原主要用於研究免疫原性的分子結構。
