(一)病因學分類
1.與藥物劑量有關的中藥不良反應該類型由藥物本身或其代謝物所引起，使固有藥理作用持續和增強。由於不同個體在藥物吸收、分佈、代謝及排泄等方面的差異，導致單位時間內藥物濃度異常升高，引起有關組織器官的不良反應。其不良反應包括藥物的副作用、毒性作用，以及繼發反應、首劑效應、後遺作用等。該類型具有劑量依賴性和可預測性，個體易感性差異大，並受年齡、性別、病理狀態等因素影響，一旦發生，後果十分嚴重，甚至可導致死亡。
2.與藥物劑量無關的中藥不良反應該類型與藥物固有的`正常藥理作用無關，而與藥物變性(如藥物有效成分降解產生有害物質)和人體特異體質(指患者的特殊遺傳素質)有關。該類型與用藥劑量無關，難以預測，經常規的毒理學篩選也很難發現，發生率雖較低，但危險性大，病死率較高。此類傷害又可分爲兩種。
3.與中藥配伍有關的中藥不良反應常由發生配伍禁忌及中西藥配伍發生相互作用等引起。
4.藥物依賴性分爲軀體依賴和精神依賴，前者是一種機體的適應狀態，臨牀表現爲對某一類藥物特有的停藥綜合徵;後者即所謂的成癮，是一種原發性、慢性、神經生物學疾病狀態，遺傳、社會心理和環境因素可以影響成癮的產生和臨牀表現。
(二)病理學分類
1.功能性改變係指藥物引起人體的器官或組織功能發生改變。這種變化多爲暫時性，停藥後可以恢復正常，無病理組織的變化。但有些功能性改變如肝功能異常、腎功能損害等亦可十分嚴重，甚至引起器質性改變，常需住院治療。
2.器質性改變係指藥物引起人體器官或組織出現病理性器質改變。由於藥物不良反應引起的器質性改變，與疾病本身引起器質性改變無明顯區別，因此鑑別診斷時不能僅根據組織病理檢查，還應參照藥物不良反應判斷。此類型又可細分爲炎症型、增生型、發育不全型、萎縮壞死型等
