(1)常見的有：便祕、出汗減少、口鼻咽喉乾燥、視力模糊、皮膚潮紅、排尿困難(尤其是老年患者)，口乾(特別是男性);
(2)少見的有：眼壓升高、過敏性皮疹或皰疹;
(3)用藥逾量表現爲：動作笨拙不穩、神志不清、抽搐、幻覺、譫妄(多見於老年患者)、呼吸短促與困難、言語不清、心跳異常加快、易激動、神經質、坐立不安(多見於兒童)等。
口乾，眩暈，顏面或皮膚潮紅，心動過速，譫妄或譫語。極大劑量可致驚厥，興奮，視物模糊，靜脈注射可有心臟停博。皮下注射可有藥疹。
心律失常，在成人以房室脫節爲常見，而在兒童則爲房性心律紊亂。有些患者發生心動過速甚至室顫，這種併發症可能由於用量超過1mg，但有時用量爲0.5mg也可引起上述併發症。
此藥可使呼吸速度及深度增加，可能是對支氣管擴張後死腔增大的一種反應。
近來有些報告指出，阿托品可致記憶力功能不全。有報告57例股骨頸骨折手術治療患者，麻醉前給阿托品，術後發生精神混亂。有報告應用含有阿托品的.貼敷劑也可引起中樞神經系統反應，如視力紊亂及幻覺。
過敏反應最常見的是接觸性皮炎和結膜炎。
滴眼時，有時引起刺激性結膜炎。使用時要壓迫淚囊部，尤其是兒童。如經鼻淚管吸收，可產生全身症狀。主要表現爲口乾、唾液分泌減少、無汗，皮膚潮紅、眩暈、心率加快、煩躁，視力模糊、羞明。皮膚乾熱，可能出現皮疹，尤其是在顏面，頸部及軀幹上部、可能隨之脫屑。
應用阿托品治療兒童屈光不正時可出現輕度的但驚人的毒性反應。
