五行學說是古代漢族人民樸素的辨證唯物的哲學思想。將古代哲學理論中以木、火、土、金、水五類特性及其生剋制化規律來認識、解釋自然的系統結構和方法論運用到中醫學而建立的中醫基本理論，用以解釋人體內臟之間的相互關係、臟腑組織器官的屬性、運動變化及人體與外界環境的關係。“五行”與“五臟”、“五志”之間存在着相互資生相互制約的密切關係。當五行不能維持相生相剋生理平衡狀態時，生克關係即轉爲乘(乘虛侵襲，剋制太過)侮(被克強勢，反欺侮主)關係，產生相應的關聯性病變。將“五行學說”運用於心身疾病的治療，通過調理情志、巧妙配伍用藥，可促進心身疾病的康復。
五行學說對世界本原的認識也從屬於氣一元論，不僅具有自然觀的特徵，更具有樸素的普遍系統論性質。五行學說對宇宙本原的認識側重於世界的物質構成，認爲木、火、土、金、水是構成世界萬物的物質元素，與氣一元論主要說明世界的物質本原不同。五行學說用五行的生剋制化、乘侮勝復規律，來說明自然界萬事萬物整體動態平衡性，視五行爲宇宙的普遍規律，以五行爲基礎闡述事物之間生剋制化、乘侮勝復的相互關係。由氣而生成的天地萬物，是由木、火、土、金、水五行結構系統所組成的整體，賴五行結構系統之間的生剋制化、乘侮勝復機制，維持自然界的整體動態平衡。人體是一個以五臟爲中心的五行結構系統所組成的有機整體。人與環境也是一個有機整體。中醫學應用五行學說，從系統結構觀點分析了人體局部與局部、局部與整體之間的有機聯繫，以及人體與外界的統一，論證了人體是一個統一整體的整體觀念。五行生剋乘侮勝復的調節機制，是人體臟腑經絡結構系統保持相對穩定和動態平衡的原因。故曰：“造化之機，不可無生，亦不可無制。無生則發育無由，無制則亢而爲害”(《類經圖翼·運氣》)，必須生中有制，制中有生，才能運行不息，相反相成。“氣有餘，則制己所勝而侮所不勝。其不及，則己所不勝，侮而乘之;己所勝，輕而侮之”(《素問·五運行大論》)。“有勝之氣，其必來複也”(《素問·至真要大論》)。“微者復微，甚者復甚，氣之常也”(《素問·五常政大論》)。氣有陰陽，陰陽合而生五行，五行和陰陽結合而化生萬物。五行系統結構的矛盾運動是宇宙的普遍規律，也是生命運動的普遍規律。陰陽五行的矛盾運動是人體之氣運動的'具體表現，是人體臟腑經絡的運動規律，是生命運動的普遍規律。
總之，氣一元論與陰陽五行學說相比較，更具“本體論”性質，旨在說明天地萬物的物質統一性，人之生死，全在乎氣。陰陽五行學說更具方法論特徵。
陰陽學說和五行學說相比較，陰陽學說旨在說明一切生命現象都包含着陰陽兩個矛盾方面。就人體而言，“人生有形，不離陰陽”(《素問·寶命全形論》)，“生之本，本於陰陽”(《素問·生氣通天論》)，“陰陽者，一分爲二也”(《類經·陰陽類》)，從而揭示了生命運動的動因、源泉和最一般最普遍的聯繫和形式。而五行學說則具體地說明了人體臟腑經絡的結構關係及其調節方式，即人體整體動態平衡的特殊規律。所以，中醫學言臟腑必及陰陽而寓五行，論臟腑的生剋制化又必賅陰陽。健康的本質是機體內部，以及機體與外界環境的動態平衡，而平衡的破壞則導致疾病。調節陰陽，以求得機體整體平衡是中醫治療疾病的根本原則，所謂“治病必求其本”，“本者，本於陰陽也”。而五行相生相勝的多路調節則是調節陰陽的具體化。
陰陽言氣的矛盾對立，五行說明氣有生克，兩者相互滲透，相互包涵，“舉陰陽則賅五行，陰陽各具五行也;舉五行即賅陰陽，五行各具陰陽也”(戴震《孟子字義疏證·天道》)。“五行，即陰陽之質;陰陽，即五行之氣。氣非質不立，質非氣不行。行也者，所以引陰陽之氣也”(《類經圖翼·運氣》)。氣化流行，生生不息。氣化是一個自然過程，氣運動變化的根本原因，在於其自身內部的陰陽五行的矛盾運動。陰陽有動靜，五行有生克，於是形成了氣的運動變化。
總之，中醫學按着氣——陰陽——五行的邏輯結構，從氣——陰陽——五行的矛盾運動，闡述了生命運動的基本規律，構築了中醫學的理論體系。
氣一元論、陰陽學說和五行學說是中國古代樸素的自然觀和方法論。中醫學在哲學與自然科學尚未徹底分開的古代，把當時先進的氣一元論、陰陽學說和五行學說與醫學理論熔鑄成一個不可分割的整體。‘用哲學概念說明醫學中的問題，同時又在醫學理論的基礎上，豐富和發展了哲學思想。哲學幫助了醫學，，醫學豐富了哲學，相輔相成，相得益彰。但是，在氣一元論、陰陽學說和五行學說基礎上的中醫學理論也不可能從根本上超出樸素直觀的水平。
因此，我們應當站在現代最先進的認識水平，從現代科學和哲學的最新成就中去尋找與中醫學有聯繫的東西，從中發現可以使中醫學迅速走向現代化的最適合的方法與工具，讓中醫學在現代開出更鮮豔的花朵，結出更豐碩的果實。
