本病的病原體稱爲人類免疫缺陷病毒(HIV)，爲一種逆轉錄病毒(retrovirus)。最初曾分別命名爲人類嗜T類淋巴細胞病毒Ⅲ型(human T lymphotropic virus Ⅲ，HTLV-Ⅲ)和淋巴結病相關病毒(lymphadenopathy associatedvirus,LAV)，後來的.研究證實二者系同一種病毒，故1986年世界衛生組織統一命名爲HIV。近年從西非艾滋病患者分離出另一種類似病毒，稱爲HIVⅡ型(HIV2)，而將原病毒稱爲HIVⅠ型(HIV1)。HIV2與HIV1的結構蛋白有差異，尤其膜蛋白差異較大。HIV2不同株別亦有差異存在。
HIV屬於慢病毒(lentivirus)屬，呈圓形或橢圓形，直徑約90～140nm，爲單股RNA病毒，外有類脂包膜，核爲中央位，圓柱狀，含Mg++依賴性逆轉錄酶。病毒結構蛋白包括核心蛋白P24和P15、外膜蛋白GP120和運轉蛋白GP41、逆轉錄酶蛋白P55等。
HIV可感染猩猩和恆河猴，亦可在體外淋巴細胞中培養增殖。病毒外膜蛋白GP120可與輔助性T細胞(TH)膜上的CD4抗原結合，進入細胞內。先以單股RNA爲模板，逆轉錄爲雙股DNA，經環化後，在細胞分裂時整合於宿主細胞DNA，稱爲前病毒DNA(proviral DNA)。宿主細胞被刺激活化時，再轉錄爲病毒RNA，併合成病毒蛋白，以發芽方式由細胞釋出。
HIV對外界抵抗力較弱，加熱56℃30分鐘和一般消毒劑如0.5%次氯酸鈉，5%甲醛、70%乙醇2%戊二醛等均可滅活，但對紫外線不敏感。
