結腸內阿米巴(Entamoeba coli Grassi，1879)是人體腸道最常見的共棲原蟲，不致病。滋養體直徑10～50μm，略大於溶組織內阿米巴。胞質呈顆粒狀，內外質不分明，活動遲緩。內質含大量細菌、酵母菌及澱粉粒等食物泡，但不含紅細胞。
具有鑑別意義的核，經鐵素木素染色後可見核周染粒粗細不勻，排列不齊，核仁稍大，經常偏位。包囊球形，直徑10～30μm或更大，明顯大於溶組織內阿米巴包囊。胞核4～8個，成熟包囊偶有超過8個者。核亦能在未染色的`活體中見到。未成熟包囊常有較大的糖原泡。擬染色體常不清晰，似碎片狀，兩端尖細不整。
生活史與流行情況與溶組織內阿米巴相似，成熟包囊經口感染宿主，除人外，鼠、豬、犬等動物腸內亦發現有寄生。呈世界性分佈，在我國與溶組織內阿米巴平行分佈，感染率高於後者。發現結腸內阿米巴時有必要繼續尋找痢疾阿米巴。
